Forbrug af koffeinholdige drikkevarer er blevet rapporteret at være forbundet med reduceret knoglemasse og øget risiko for brud i nogle, men ikke de fleste, observationsundersøgelser. Fysiologiske undersøgelser på mennesker og kontrollerede balancestudier viser en klar, men kun en meget lille dæmpende virkning af selve koffeinen på intestinal calciumabsorption og ingen virkning på den samlede 24-timers udskillelse af calcium i urinen. De epidemiologiske undersøgelser, der viser en negativ effekt, kan til dels forklares ved et omvendt forhold mellem forbruget af mælk og koffeinholdige drikkevarer. Et lavt kalciumindtag er klart forbundet med skrøbelighed i skelettet, og det er sandsynligt, at et højt koffeinindtag ofte er en markør for et lavt kalciumindtag. Den negative virkning af koffein på kalciumoptagelsen er lille nok til at blive fuldt ud opvejet af så lidt som 1-2 spiseskefulde mælk. Alle de observationer, der tyder på, at koffeinholdige drikkevarer udgør en risikofaktor for osteoporose, er foretaget i befolkningsgrupper, der indtager væsentligt mindre end det optimale kalciumindtag. Der er ingen beviser for, at koffein har nogen skadelig virkning på knoglestatus eller på calciumøkonomien hos personer, der indtager den i øjeblikket anbefalede daglige tilførsel af calcium.