Mange bakteriearter er bevægelige ved hjælp af flageller. Flagellas struktur og implantation synes at være relateret til de specifikke miljøer, som cellerne lever i. I nogle tilfælde tilpasser bakterierne endda deres flagella-mønster som reaktion på de miljøforhold, de møder. Sværmende celledifferentiering er et bemærkelsesværdigt eksempel på dette fænomen. Flageller synes at have flere funktioner end blot at levere motilitet. For mange patogene arter er der foretaget undersøgelser af flagellas bidrag til virulensen, men resultatet er ikke entydigt i alle tilfælde. Flageller er generelt accepteret som vigtige virulensfaktorer, og ekspression og undertrykkelse af flageller og virulens er i flere tilfælde blevet vist at være forbundet med hinanden. At sørge for motilitet er altid et vigtigt træk ved flageller af patogene bakterier, men der er også blevet tilskrevet disse flageller adhæsive og andre egenskaber. Ved ikke-patogen bakteriekolonisering er flagellerne også vigtige lokaliserings- og klæbeorganeller. I flere tilfælde, hvor der er konkurrence mellem flere bakteriearter, er det påvist, at motilitet ved hjælp af flageller giver en specifik fordel for en bakterie. Denne gennemgang giver et overblik over de undersøgelser, der er udført om flagellens betydning i en lang række processer, hvor flagellerede bakterier er involveret.