Siden Anden Verdenskrig overvågede Challenger farvandene omkring Det Forenede Kongerige, Labrador, Vestindien og Ostindien. Den 23. september 1932 ramte hun en klippe 6 sømil (11 km) nord for Ford’s Harbour, Labrador, i Dominion of Newfoundland (56°28′30″N 61°10′00″W / 56.47500°N 61.16667°W) og blev strandet. Hun blev senere sat i vandet igen.

Fra 1939 til 1942 tjente hun i hjemlige farvande og som konvojeskorte. I juni og juli 1941 eskorterede hun og tre korvetter i Flower-klassen troppetransportskibet Anselm fra Storbritannien på vej til Freetown i Sierra Leone. Da troppetransportskibet blev torpederet nord for Azorerne, reddede Challenger og korvetten HMS Starwort hundredvis af overlevende og overførte dem derefter til den bevæbnede handelskrydser HMS Cathay.

Fra 1942 til 1946 overvågede Challenger i Det Indiske Ocean og det vestlige Stillehav. Hun vendte tilbage til Chatham i 1946 for en ombygning, inden hun vendte tilbage til Den Persiske Golf sidst i 1946. Hun forlod Golfen i 1947 og gik til Cypern, hvor et landhold loggede tidevand. Derefter fortsatte hun til Gibraltar for endnu en ombygning i tørdok.

I december 1947 blev mænd fra Challenger og fra de to destroyere Cockade og Contest landsat i Aden i et forsøg på at genoprette ro og orden efter anti-jødiske optøjer.

Der blev foretaget en jordomsejling fra 1950 til 1953, der omfattede opmåling i Vestindien og Fjernøsten. Det var på denne mission i 1951, at Challenger opmålte Marianergraven nær Guam, herunder det dybeste kendte punkt i havene, 11.033 meter (36.198 ft) dybt på sit maksimum, nær 11°21′N 142°12′Ø / 11,350°N 142,200°Ø. Dette punkt var blevet kaldt Challenger Deep, efter at det første gang blev undersøgt i 1875 under en ekspedition med et tidligere HMS Challenger. I januar 1954 vendte Challenger tilbage til Storbritannien, blev betalt af og blev ophugget i Dover.