Jeg har begrænset erfaring, da jeg kun er på min anden gennemspilning, men indtil videre har jeg observeret –

Hvis du slutter dig til Minutemen, vil du ende med at blive allieret med Railroad og vil ende med at ødelægge Brotherhood of Steel og Institute.

Desuden, hvis du er kommet igennem Minutemen-missionerne (op til og med tilbageerobring af slottet), så vil det under missionen hvor Instituttet forsøger at “invitere” Wallace til at slutte sig til deres Biosciences-team være Minutemen, der reagerer på Wallaces nødopkald (og dermed giver dig mulighed for at tale dem fra det). Hvis du ikke har sluttet dig til Minutemen, vil Gunners dukke op for at svare på Wallaces nødråb om hjælp. Hvis du gør fremskridt i Minutemen-historien, vil du også få adskillige grupper af vandrende Minutemen til at patruljere i ødemarken og låse op for artilleri.

Hvis du slutter dig til Brotherhood of Steel, vil du erklære krig mod Institute and Railroad, mens du er allieret med Minutemen.

Hvis du slutter dig til jernbanen, vil du være allieret med Minutemen og ødelægge Brotherhood of Steel og Institute.

Hvis du slutter dig til Instituttet, vil du være allieret med Minutemen og ødelægge Railroad og Brotherhood of Steel.

Når du har afsluttet handlingen som allieret med Instituttet, begynder grupper af synths at dukke op overalt i Commonwealth og annoncere, at Instituttet nu bestemmer – de vil også opstille en række checkpoints og strejfe rundt i ødemarken og dræbe mutanter og raiders. De forskellige ledsagere, jeg brugte under min gennemspilning, havde ikke noget imod, at jeg havde taget parti for Instituttet, men jeg forventer dog, at Deacon og Danse måske vil gøre det (da du ødelagde deres fraktioner).

Uanset hvilket valg du træffer, vil

“Fader” dø, men cutscenen vil dog være anderledes, hvis du ikke er allieret med Instituttet. Hvis du angriber instituttet, mister du det som en fast travel location. Alle fraktioner, som du udrydder, vil ikke være tilgængelige for missioner efter den sidste cutscene.