Den dialektiske diskurs om “genet” som den arvelige enhed, der udledes af fænotypen, hvad enten det er en mellemliggende variabel eller en hypotetisk konstruktion, syntes at være afgjort med præsentationen af den molekylære model af DNA: genet blev reduceret til en sekvens af DNA, der transskriberes til RNA, der oversættes til et polypeptid; polypeptiderne kan foldes til proteiner, der er involveret i cellens stofskifte og struktur og dermed funktion. Denne vej viste sig at være mere forvirrende, jo mere reguleringen af produkter og funktioner blev afdækket i forbindelse med integrerede cellulære systemer. Filosoffer, der kæmpede for at definere et ensartet begreb om genet som den grundlæggende enhed i (molekylær)genetik, stod over for dem, der foreslog flere forskellige “gener” i overensstemmelse med eksperimentalisternes begrebsrammer. Forskerne betragtede i stigende grad generne de facto som generiske udtryk til beskrivelse af deres empiriske data, og med de forbedrede muligheder for DNA-sekventering var disse enheder som regel bottom-up-nukleotidsekvenser, der bestemmer funktioner. Først for nylig vendte empirikerne tilbage til at diskutere konceptuelle overvejelser, herunder top-down-definitioner af funktionsenheder, der gennem cellulære mekanismer udvælger de DNA-sekvenser, som udgør “genomiske fodspor” af funktionelle enheder.