Missouri Synods hjemmeside identificerer tre hovedområder, hvor der er forskel på den lutherske kirke Missouri Synod (LCMS) og den evangelisk-lutherske kirke i Amerika (ELCA):

1.Skriftens lære og autoritet – LCMS mener, at Bibelen er uden fejl i alt, hvad den siger. ELCA undgår at komme med sådanne udtalelser, idet den fastholder, at Skriften ikke nødvendigvis altid er præcis i forhold til f.eks. historie og videnskab. Forskellene mellem LCMS og ELCA om Skriftens autoritet er også med til at forklare, hvorfor LCMS ikke ordinerer kvinder (baseret på 1. Korinther 14,33-36, 1. Timotheus 2,11-14), ser homoseksuel adfærd som værende i strid med Guds vilje (Romerne 1,18-28, 1. Korinther 6,9) og ikke tillader ordination af praktiserende homoseksuelle.

2.Forpligtelsen over for de lutherske bekendelsesskrifter – ELCA bekræfter sin forpligtelse over for evangeliet om Jesus Kristus som bevidnet i de lutherske bekendelsesskrifter, men har også en tendens til at fremhæve disse skrifters historiske karakter og fastholde muligheden for dissens over for bekendelsesskrifter, som ikke direkte omhandler selve evangeliet forstået i snæver forstand. Alle LCMS-præster er på den anden side forpligtet til at bekræfte, at de lutherske bekendelser er en korrekt forklaring på Skriftens lære.

3.Den grad af enighed, der er nødvendig for at slutte sig sammen i ét kirkeligt legeme – Mens LCMS mener, at Bibelen kræver enighed i alt, hvad Bibelen lærer, mener ELCA, at uenighed i visse spørgsmål om doktrin, som f.eks. om formen for Kristi nærvær i nadveren, ikke forbyder kirkeligt fællesskab.

Og med hensyn til Wisconsin Evangelical Lutheran Synod (WELS) identificerer Missouri-synoden disse forskelle fra dens synspunkt:

1.Den bibelske forståelse af fællesskab – WELS har det, som den kalder et “enhedsbegreb” af fællesskab, som dækker ethvert fælles udtryk, manifestation og demonstration af en fælles tro. LCMS ser kirkefællesskab som muligt på forskellige niveauer, f.eks. er bønnefællesskab (som ikke kræver fuld doktrinær enighed) muligt, selv om alter- og prædikantfællesskab (som kræver fuld doktrinær enighed) måske ikke er muligt.

2. Læren om præsteembedet – For LCMS er embedet for det offentlige embede (præsteembedet) ifølge Skriften det eneste guddommeligt
indstiftede embede i kirken, mens kirken har frihed til fra tid til anden at oprette andre embeder ved menneskelig institution for at bistå med udførelsen af præsteembedets funktioner. WELS’ “Theses on Church and Ministry” benægter imidlertid udtrykkeligt, at præstetjenesten er specifikt indstiftet af Herren i modsætning til andre former for offentlig tjeneste.

3. Kvindernes rolle i kirken – Mens både LCMS og WELS kraftigt modsætter sig ordination af kvinder til præstetjenesten af skriftlige grunde, har LCMS konkluderet, at Skriften ikke forbyder kvinders valgret i kirken. WELS er imod kvinders valgret i kirken som værende i strid med Skriften.