Jean Baptiste Charbonneau blev født den 11. februar 1805 i Fort Mandan og var søn af den fransk-kanadiske tolk Touissant Charbonneau og hans shoshone-kone Sacagawea.

Lewis og Clark ankom til Hidatsa-Mandan-territoriet i oktober 1804 og hyrede den ældre Charbonneau og Sacagawea som tolkehold. Kaptajnerne havde erfaret, at shoshonerne havde en stor hestebesætning. De var ivrige efter at få Sacagawea, der talte shoshone, til at ledsage dem for at forhandle om de heste, der var nødvendige for at krydse de vestlige bjerge, på trods af at hun var gravid i sjette måned på det tidspunkt.

Mens ekspeditionen overvintrede i Fort Mandan, noterede Lewis den 11. februar 1805 Jean Baptises fødsel som følger: Omkring klokken fem i aften fødte en af Charbonneaus hustruer en fin dreng. Det er værd at bemærke, at dette var det første barn, som denne kvinde havde født, og som det er almindeligt i sådanne tilfælde, var hendes fødsel langvarig og smerten voldsom. Lewis, der regnede med, at hun skulle fungere som oversætter med shoshone-folket, var bekymret for, om hun kunne føde sikkert. I et forsøg på at hjælpe hende med at føde barnet rådførte han sig med andre og gav hende derefter en lille blanding af vand og knuste ringe fra en klapperslange for at hjælpe med at fremkalde fødslen. Selv om Lewis var skeptisk over for denne behandling, fremgår det af hans dagbog, at hun fødte kort tid efter at have indtaget klapperslange-trylledrikken: Om denne medicin virkelig var årsagen eller ej, vil jeg ikke påtage mig at afgøre, men … hun havde ikke taget den mere end ti minutter, før hun fødte.

Det nyeste medlem af den 33 mand store ekspedition, Jean Baptiste, var en sund og aktiv dreng, der var en stor favorit hos Clark, som gav ham tilnavnet Pomp and Pompy, på grund af hans pompøse, lille dansende drengs narrestreger. Den 7. april 1805, hvor han red i en pirogue (flodbåd) sammen med sin mor, sluttede den 55 dage gamle Jean Baptiste sig til ekspeditionen, da korpset forlod Fort Mandan for at fortsætte rejsen mod Rocky Mountains og Sacagaweas-folket.

Sensibiliseret for sygdomme i barndommen, fik Baptiste en alvorlig sygdom under hjemrejsen i foråret 1806. Mens korpset blev forsinket af dyb sne, der dækkede Lolo Trail gennem Bitterroot Mountains, fik drengen høj feber og en hævet hals og hals, hvilket var tegn på måske fåresyge eller halsbetændelse (og måske tænder). Kaptajnerne anvendte på hans hals, omslag af vilde løg og et plaster af sarve (salve) lavet af rosen af langbladet fyrretræ, bivoks og bjørneolie blandet, hvilket resulterede i, at han blev rask i løbet af to og en halv uge.

Clark, der ledede en lille deling, der inkluderede Charbonneau-familien, udforskede Yellowstone-floden under hjemrejsen. Den 25. juli 1806 stødte de på en usædvanlig, fritstående sandstensformation på den sydlige bred af floden, som kaptajn Clark kaldte Pompys Tower efter den halvandet år gamle Jean Baptiste. Clark, som i dag kaldes Pompeys Pillar, ridsede under et beskyttet, naturligt overhæng sit eget navn og datoen den 25. juli, sin fødselsdag, ind under et beskyttet, naturligt overhæng. Clarks ætsning, der nu er bevaret under en ubrydelig glasskærm, anses for at være det eneste varige fysiske spor, som korpset efterlod i landskabet under rejsen. Ud over søjlen navngav Clark en nærliggende bæk Baptiests Creek til ære for drengen.

Den unge dreng vakte en uimodståelig forkærlighed i Clarks hjerte. Den 17. august, da korpset ankom tilbage til Hidatsa-Mandan landsbyerne og tog afsked med Charbonneau familien, tilbød Clark at opdrage barnet som sin egen søn. Men da Jean Baptiste endnu ikke var fravænnet, blev det besluttet, at drengens forældre ville bringe ham til Clark på et senere tidspunkt. I et brev til Touissant Charbonneau, der på det tidspunkt var blevet udskrevet fra korpset, skrev Clark:

Med hensyn til din lille søn (min dreng Pomp) ved du godt, at jeg holder meget af ham og er ivrig efter at tage ham og opdrage ham som mit eget barn. Jeg siger dig endnu en gang, at hvis du vil bringe din søn Baptiest til mig, vil jeg opdrage ham og behandle ham som mit eget barn – jeg glemmer ikke de løfter, som jeg gav dig, og jeg vil nu gentage dem, så du kan være sikker – Charbono, hvis du ønsker at leve med de hvide og vil komme til mig, vil jeg give dig et stykke jord og forsyne dig med heste, køer, & svin…Ønsker dig og din familie stor lykke & med spændte forventninger om at se min lille dansende dreng Baptiest Jeg vil forblive din ven.

I 1809 rejste Touissant Charbonneau og Sacagawea ned ad Missouri til St. Louis sammen med Jean Baptiste. Toussaint modtog sammen med alle ekspeditionens hvervede mænd hver en jordbevilling på 320 acres. Dette plus kuponen på 533,33 dollars, hans løn for sine tolketjenester (Sacagawea fik intet), var i sandhed en formue for en mand med så begrænsede økonomiske ressourcer. Toussaint var imidlertid ikke af et temperament til at dyrke jorden, og den 26. marts 1811 overdrog han sin jordrettighed til Clark for 100 dollars. I april gik han og Sacagawea om bord på en pram fra Missouri Fur Company med kurs mod det øvre Missouri og efterlod Baptiste i Clarks varetægt, så drengen kunne begynde sin uddannelse.

Når Baptiste havde afsluttet sin skolegang i St. Louis, vendte han tilbage til livet ved grænsen. I 1823, i en alder af 18 år, mens han boede i en handelsby ved Kansas-flodens udmunding, mødte han prins Paul Wilhelm af Wuertemberg i Tyskland, som var på en videnskabelig mission i Amerika. Baptistes usædvanlige kombination af færdigheder som grænsearbejder og kulturel viden fascinerede prinsen, som tog ham under sit protektorat. Den unge mand fulgte Paul til Europa, hvor han blev udsat for det sofistikerede, aristokratiske miljø ved et tysk hof. Baptiste nød den kongelige livsstil i seks år, blev flydende i fire sprog og fik en baggrund, der senere skulle markere ham som en kulturel anomali på den vestlige grænse.

Ved sin tilbagevenden til Amerika i 1829 lagde han sine kultiverede manerer til side og faldt ind i bjergmandens barske tilværelse. Han rejste rundt i hele det amerikanske vesten, hvor han jagede, fangede, var guide og udforskede. I 1846-1847 rekognoscerede han vejen vestpå fra New Mexico til Californien for Mormonbataljonen. Han blev afskediget i 1847 og blev udnævnt til Alcalde for San Luis Rey-missionen, et embede, der kunne sammenlignes med en magistrat.

Oprevet over godsejernes misbrug af visse indianere (som blev behandlet som næsten slaver), fratrådte han sine officielle pligter og gik ind i det hektiske stormløb i den californiske guldfeber. Han blev åbenbart ikke rig, da han i 1861 blev registreret som hotelansat i Auburn, Californien, som hotelsekretær i 1861. I 1866 forlod han Auburn sammen med to kammerater og tog af sted mod nye guldfund i Montana. Undervejs døde Jean Baptiste i en alder af 61 år af lungebetændelse og blev begravet på en fjerntliggende, primitiv kirkegård i den lille landsby Danner i Jordan Valley i Oregon. Den 14. marts 1973 blev hans gravsted optaget i National Register of Historic Places.