Jackson nåede Bristoe Station på Orange and Alexandria Railroad i løbet af eftermiddagen den 26. august, hvor hans tropper ødelagde to tog og ødelagde flere kilometer spor. Da han erfarede, at der var et forsyningsdepot for Unionen ved Manassas Junction flere kilometer nordøst for Manassas, sendte Jackson Isaac R. Trimbles brigade sammen med kavaleriunderstøttelse af sted for at erobre knudepunktet. Efter en natmarch indledte Trimble et angreb, som overrumplede den lille unionsgarnison og tog over 300 fanger og otte kanoner, med tab af fire mænd. Efter at have modtaget besked om det konfødererede angreb på Manassas Junction i løbet af natten forsøgte Pope at sende flere unionskolonner mod Jacksons fløj for at omringe de konfødererede. Han satte Virginias hær i gang med at marchere mod nordøst mod Manassas og beordrede afdelinger fra unionsstyrkerne i Washington til at bevæge sig med jernbanen vestpå mod Manassas. George W. Taylors og E. Parker Scammons brigader startede om morgenen den 27. august. I mellemtiden efterlod Jackson Richard S. Ewells division ved Bristoe’s Station for at holde øje med Unionens styrker og flyttede A. P. Hills og William B. Taliaferros divisioner for at forstærke Trimbles brigade.
Nu da Hills division ankom til Manassas Junction, blev Trimble angrebet af 2. New York Heavy Artillery, men angrebet blev hurtigt slået tilbage med Hills hjælp. På dette tidspunkt ankom Taylor med toget, og uden at vide, at han var i undertal, gik han i gang med at indstille sin brigade til et angreb. Kraftig konfødereret ild, især fra artilleriet, fik Taylors brigade til at gå på flugt, og Taylor selv blev dødeligt såret. Scammons to regimenter ankom og tjente som bagtrop for at dække Unionens tilbagetog. Unionens tab udgjorde i alt næsten 450 (inklusive over 200 fanger), mens de konfødererede kun mistede 25 mand.
Vestpå indsatte Ewell sin division langs Kettle Run for at tjene som beskyttelse for Jacksons bagtrop mod Popes styrker. Joseph Hookers division fra Unionens III. korps mødte først Ewells skirmishers omkring kl. 14.30. Ewell var i stand til at holde sin stilling i over en time, men Hooker bragte derefter sit eget artilleri frem og forsøgte at omgå den konfødererede linje. Kort efter kl. 16.00 modtog Ewell ordre fra Jackson om at trække sig tilbage til Manassas Junction, og det lykkedes ham at trække sig tilbage; Hooker var ude af stand til at forfølge ham på grund af broen over Broad Run mod nord, som var brændt. Ewell mistede mindre end 150 mand i kampen, mens Hooker mistede 400 mand.