I 1592 blev forfølgelsen genoptaget, og flere japanske konvertitter modtog martyriets krone. Kejser Tagcosama, en af de stolteste og mest ondskabsfulde mænd, blev opildnet til raseri og jalousi af en mistanke, der blev antydet af visse europæiske købmænd, der ønskede monopol på denne handel, om, at missionærernes hensigt med at forkynde den kristne tro var at lette portugisernes eller spaniernes erobring af deres land.

Tre jesuitter og seks franciskanere blev korsfæstet på en bakke nær Nangasaqui i 1597. Sidstnævnte var delvist spaniere og delvist indianere og havde i spidsen F. Peter Baptist, kommisarius for sin orden, der stammede fra Avila i Spanien. Hvad angår jesuitterne, var den ene af dem Paul Miki, en ædel japaner og en fremtrædende prædikant, på det tidspunkt treogtredive år gammel. De to andre, John Gotto og James Kisai, blev optaget i selskabet i fængslet lidt før de led. Flere japanske konvertitter led sammen med dem. Martyrerne var seksogtyve i antal, og blandt dem var der tre drenge, som plejede at betjene brødrene ved messen; to af dem var femten år gamle, og den tredje kun tolv, men de viste hver især stor glæde og udholdenhed i deres lidelser. Af disse martyrer var fireogtyve blevet bragt til Meaco, hvor kun en del af deres venstre øre blev skåret af, ved en lempelse af dommen, som havde befalet amputation af deres næser og begge ører. De blev ført gennem mange byer og offentlige steder, deres kinder var plettet af blod, til skræk for andre. Da de seksogtyve Kristi soldater var ankommet til henrettelsesstedet nær Nangasaqui, fik de lov til at aflægge deres bekendelse til to jesuitter fra klosteret i denne by, og da de var fastgjort til kors med snore og kæder om deres arm. og ben og en jernkrave om halsen, blev de løftet op i luften, idet foden af hvert kors faldt ned i et hul, der var forberedt til det i jorden. Korsene blev plantet i en række, ca. fire fod fra hinanden, og hver martyr havde en bøddel i nærheden af ham med et spyd klar til at gennembore hans side; for sådan er den japanske måde at korsfæste på. Så snart alle korsene var plantet, løftede bødlerne deres lanser, og på et signal, der blev givet, gennemborede alle martyrerne næsten i samme øjeblik; hvorefter de døde og gik hen for at modtage belønningen for deres lidelser. Deres blod og klæder blev skaffet af kristne, og mirakler blev udført af dem. Urban VIII rangerede dem blandt martyrerne, og de bliver hædret den 5. februar, dagen for deres triumf.