Der am 11. Februar 1805 in Fort Mandan geborene Jean Baptiste Charbonneau war der Sohn des französisch-kanadischen Dolmetschers Touissant Charbonneau und seiner schoschonischen Frau Sacagawea.
Lewis und Clark kamen im Oktober 1804 im Hidatsa-Mandan-Territorium an und heuerten den älteren Charbonneau und Sacagawea als Dolmetscherteam an. Die Kapitäne hatten erfahren, dass die Schoschonen eine große Pferdeherde besaßen. Sie wollten unbedingt, dass Sacagawea, die Schoschonen sprach, sie begleitete, um über Pferde zu verhandeln, die für die Überquerung der westlichen Berge benötigt wurden, obwohl sie zu diesem Zeitpunkt im sechsten Monat schwanger war.
Während die Expedition in Fort Mandan überwinterte, berichtete Lewis am 11. Februar 1805 über die Geburt von Jean Baptiste wie folgt: Gegen fünf Uhr heute Abend brachte eine der Frauen von Charbonneau einen schönen Jungen zur Welt. Es ist erwähnenswert, dass dies das erste Kind war, das diese Frau geboren hatte, und wie in solchen Fällen üblich, waren ihre Wehen langwierig und die Schmerzen heftig. Da sie als Übersetzerin für die Schoschonen fungierte, war Lewis besorgt, dass sie das Kind sicher zur Welt bringen würde. In dem Bemühen, ihr bei der Geburt zu helfen, beriet er sich mit anderen und verabreichte dann eine kleine Mischung aus Wasser und den zerdrückten Ringen einer Klapperschlange, um die Geburt einzuleiten. Obwohl Lewis dieser Behandlung skeptisch gegenüberstand, zeigt sein Tagebuch, dass sie kurz nach der Einnahme des Klapperschlangentranks entbunden hat: Ob diese Medizin wirklich die Ursache war oder nicht, kann ich nicht beurteilen, aber … sie hatte sie nicht länger als zehn Minuten eingenommen, bevor sie gebar.
Das jüngste Mitglied der 33-köpfigen Expedition, Jean Baptiste, war ein gesunder und aktiver Junge, ein großer Liebling von Clark, der ihn wegen seiner pompösen kleinen Tanzjungenstreiche Pomp and Pompy nannte. Am 7. April 1805 schloss sich der 55 Tage alte Jean Baptiste in einer Piroge (Flussboot) zusammen mit seiner Mutter der Expedition an, als das Korps Fort Mandan verließ, um seine Reise in Richtung der Rocky Mountains und der Sacagaweas fortzusetzen.
Da Baptiste für Kinderkrankheiten anfällig war, erkrankte er während der Rückreise im Frühjahr 1806 schwer. Während das Korps wegen des tiefen Schnees, der den Lolo Trail durch die Bitterroot Mountains bedeckte, aufgehalten wurde, bekam der Junge hohes Fieber und einen geschwollenen Hals und Rachen, was auf Mumps oder Mandelentzündung (und vielleicht auch auf Zahnen) hindeutete. Die Kapitäne legten ihm Umschläge aus wilden Zwiebeln und ein Pflaster aus Sarve (Salbe) auf, das aus dem Rindenkraut der langblättrigen Kiefer, Bienenwachs und Bärenöl gemischt war, und er erholte sich innerhalb von zweieinhalb Wochen.
Clark führte eine kleine Gruppe an, zu der auch die Familie Charbonneau gehörte, und erkundete auf der Rückreise den Yellowstone River. Am 25. Juli 1806 stießen sie am Südufer des Flusses auf eine ungewöhnliche, frei stehende Sandsteinformation, die Kapitän Clark nach dem anderthalbjährigen Jean Baptiste Pompys Tower nannte. Unter einem geschützten, natürlichen Überhang ritzte Clark seinen eigenen Namen und das Datum des 25. Juli, seines Geburtstags, in die Felsformation, die heute Pompeys Pillar heißt. Clarks Radierung, die heute unter einer unzerbrechlichen Glasscheibe aufbewahrt wird, gilt als einziges dauerhaftes physisches Zeugnis, das das Korps während seiner Reise in der Landschaft hinterlassen hat. Neben der Säule benannte Clark zu Ehren des Jungen einen nahe gelegenen Bach Baptiests Creek.
Der Junge schlug in Clarks Herz eine unwiderstehliche Zuneigung. Am 17. August, als das Korps wieder in den Hidatsa-Mandan-Dörfern ankam und sich von der Familie Charbonneau verabschiedete, bot Clark an, das Kind wie seinen eigenen Sohn aufzuziehen. Da Jean Baptiste jedoch noch nicht entwöhnt war, wurde beschlossen, dass die Eltern des Jungen ihn zu einem späteren Zeitpunkt zu Clark bringen würden. In einem Brief an Touissant Charbonneau, der damals aus dem Korps entlassen wurde, schrieb Clark:
Was Ihren kleinen Sohn (meinen Jungen Pomp) betrifft, so kennen Sie meine Zuneigung zu ihm und mein Bestreben, ihn als mein eigenes Kind aufzunehmen und aufzuziehen. Ich sage dir noch einmal, wenn du deinen Sohn Baptiest zu mir bringst, werde ich ihn erziehen und ihn wie mein eigenes Kind behandeln – ich vergesse nicht die Versprechen, die ich dir gegeben habe und wiederhole sie jetzt, damit du sicher sein kannst – Charbono, wenn du mit den Weißen leben willst und zu mir kommst, werde ich dir ein Stück Land geben und dich mit Pferden, Kühen und & Schweinen versorgen.Ich wünsche dir und deiner Familie viel Glück & und erwarte sehnsüchtig, meinen kleinen tanzenden Jungen Baptiest zu sehen, und bleibe dein Freund.
Im Jahr 1809 reisten Touissant Charbonneau und Sacagawea mit Jean Baptiste den Missouri hinunter nach St. Louis. Toussaint und alle Rekruten der Expedition erhielten jeweils einen Landschein über 320 Acres. Zusammen mit dem Gutschein über 533,33 Dollar, dem Lohn für seine Dolmetscherdienste (Sacagawea erhielt nichts), war dies für einen Mann mit so geringen wirtschaftlichen Ressourcen ein wahres Vermögen. Toussaint war jedoch nicht in der Lage, den Boden zu bestellen, und am 26. März 1811 übertrug er seinen Landtitel für 100,00 Dollar an Clark. Im April gingen er und Sacagawea an Bord eines Kahns der Missouri Fur Company, der ins obere Missouri-Land fuhr, und ließen Baptiste in Clarks Obhut, damit der Junge seine Ausbildung beginnen konnte.
Nach Abschluss seiner Schulausbildung in St. Louis kehrte Baptiste ins Grenzland zurück. Im Alter von 18 Jahren, als er in einem Händlerdorf an der Mündung des Kansas River lebte, lernte er 1823 Prinz Paul Wilhelm von Württemberg kennen, der sich auf einer wissenschaftlichen Mission in Amerika befand. Baptistes ungewöhnliche Kombination aus Grenzgängerfähigkeiten und kulturellen Fähigkeiten faszinierte den Prinzen, der ihn unter seine Schirmherrschaft nahm. Der junge Mann begleitete Paul nach Europa, wo er die kultivierte, aristokratische Umgebung eines deutschen Hofes kennen lernte. Baptiste genoss sechs Jahre lang den königlichen Lebensstil, sprach vier Sprachen fließend und erwarb einen Hintergrund, der ihn später als kulturelle Anomalie an der westlichen Grenze kennzeichnen sollte.
Nach seiner Rückkehr nach Amerika im Jahr 1829 legte er seine kultivierten Manieren ab und stürzte sich in das raue Leben des Bergmanns. Er durchstreifte den gesamten amerikanischen Westen als Jäger, Fallensteller, Führer und Entdecker. In den Jahren 1846 und 1847 erkundete er für das Mormonenbataillon den Weg nach Westen von New Mexico nach Kalifornien. Nach seiner Entlassung im Jahr 1847 wurde er zum Alcalde der San Luis Rey Mission ernannt, einem Amt, das mit dem eines Magistrats vergleichbar war.
Aufgeschreckt durch die Misshandlung einiger Indianer durch die Landbesitzer (die quasi wie Sklaven behandelt wurden), legte er seine offiziellen Pflichten nieder und stürzte sich in den rasenden Goldrausch in Kalifornien. Offenbar wurde er nicht reich, denn 1861 wurde er als Hotelangestellter in Auburn, Kalifornien, registriert. Im Jahr 1866 verließ er Auburn mit zwei Begleitern und machte sich auf den Weg zu neuen Goldfunden in Montana. Auf dem Weg dorthin starb Jean Baptiste im Alter von 61 Jahren an einer Lungenentzündung und wurde auf einem abgelegenen, primitiven Friedhof in dem winzigen Weiler Danner im Jordantal, Oregon, beigesetzt. Am 14. März 1973 wurde seine Grabstätte in das National Register of Historic Places aufgenommen.