Im Jahre 1592 wurde die Verfolgung erneuert, und mehrere japanische Konvertiten erhielten die Krone des Martyriums. Der Kaiser Tagcosama, einer der stolzesten und bösartigsten Männer, wurde durch den Verdacht wütend und eifersüchtig, der von einigen europäischen Kaufleuten geäußert wurde, die das Monopol dieses Handels anstrebten, dass die Missionare mit der Verkündigung des christlichen Glaubens die Eroberung ihres Landes durch die Portugiesen oder Spanier erleichtern wollten.

Drei Jesuiten und sechs Franziskaner wurden 1597 auf einem Hügel bei Nangasaqui gekreuzigt. Letztere waren zum Teil Spanier und zum Teil Indianer und hatten an ihrer Spitze F. Peter Baptist, den Kommissar seines Ordens, der aus Avila in Spanien stammte. Einer der Jesuiten war Paul Miki, ein edler Japaner, ein hervorragender Prediger, damals dreiunddreißig Jahre alt. Die beiden anderen, John Gotto und James Kisai, wurden im Gefängnis in die Gesellschaft aufgenommen, kurz bevor sie leiden mussten. Mehrere japanische Konvertiten litten mit ihnen. Unter den sechsundzwanzig Märtyrern befanden sich drei Jungen, die den Brüdern bei der Messe zu dienen pflegten; zwei von ihnen waren fünfzehn Jahre alt, der dritte erst zwölf, doch zeigten sie alle große Freude und Standhaftigkeit in ihrem Leiden. Von diesen Märtyrern wurden vierundzwanzig nach Meaco gebracht, wo ihnen nur ein Teil des linken Ohres abgeschnitten wurde, um das Urteil zu mildern, das die Amputation der Nase und beider Ohren angeordnet hatte. Sie wurden mit blutbefleckten Wangen durch viele Städte und öffentliche Plätze geführt, um andere zu erschrecken. Als die sechsundzwanzig Soldaten Christi an der Hinrichtungsstätte in der Nähe von Nangasaqui ankamen, durften sie bei zwei Jesuiten des dortigen Klosters ihre Beichte ablegen und wurden mit Stricken und Ketten an Armen und Beinen und einem eisernen Halsband an Kreuzen befestigt und in die Luft gehoben, wobei der Fuß jedes Kreuzes in ein dafür vorbereitetes Loch im Boden fiel. Die Kreuze wurden in einer Reihe aufgestellt, etwa vier Fuß voneinander entfernt, und jeder Märtyrer hatte einen Henker in seiner Nähe, der einen Speer bereithielt, um seine Seite zu durchbohren; denn das ist die japanische Art der Kreuzigung. Sobald alle Kreuze aufgestellt waren, hoben die Scharfrichter ihre Lanzen, und auf ein Signal hin durchbohrten sie die Märtyrer fast im selben Augenblick; daraufhin starben sie und gingen, um den Lohn ihrer Leiden zu empfangen. Ihr Blut und ihre Gewänder wurden von Christen beschafft, und sie vollbrachten Wunder. Urban VIII. reihte sie unter die Märtyrer ein, und sie werden am 5. Februar, dem Tag ihres Triumphs, geehrt.