Der dialektische Diskurs über das „Gen“ als Einheit der Vererbung, die aus dem Phänotyp abgeleitet wird, sei es eine intervenierende Variable oder ein hypothetisches Konstrukt, schien mit der Vorstellung des molekularen Modells der DNA erledigt zu sein: Das Gen wurde auf eine DNA-Sequenz reduziert, die in RNA transkribiert wird, die in ein Polypeptid übersetzt wird; die Polypeptide können sich zu Proteinen falten, die am zellulären Stoffwechsel und an der Struktur und damit an der Funktion beteiligt sind. Dieser Weg erwies sich als umso verwirrender, je mehr die Regulierung von Produkten und Funktionen im Kontext integrierter zellulärer Systeme aufgedeckt wurde. Philosophen, die sich um ein einheitliches Konzept des Gens als Grundeinheit der (Molekular-)Genetik bemühten, sahen sich mit jenen konfrontiert, die je nach dem konzeptionellen Rahmen der Experimentalphysiker mehrere verschiedene „Gene“ vorschlugen. Die Forscher betrachteten Gene de facto zunehmend als Oberbegriffe zur Beschreibung ihrer empirischen Daten, und mit den verbesserten DNA-Sequenzierungskapazitäten handelte es sich bei diesen Entitäten in der Regel um funktionsbestimmende Nukleotidsequenzen von unten nach oben. Erst in jüngster Zeit kehrten die Empiriker zu konzeptionellen Überlegungen zurück, einschließlich Top-down-Definitionen von Funktionseinheiten, die durch zelluläre Mechanismen die DNA-Sequenzen auswählen, die die „genomischen Fußabdrücke“ der funktionellen Einheiten bilden.