Auf der Website der Missouri Synode werden drei Hauptunterschiede zwischen der Lutherischen Kirche Missouri Synode (LCMS) und der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Amerika (ELCA) genannt:

1.Die Lehre und Autorität der Heiligen Schrift – Die LCMS glaubt, dass die Bibel in allem, was sie sagt, ohne Fehler ist. Die ELCA vermeidet solche Aussagen, da sie der Meinung ist, dass die Heilige Schrift in Bereichen wie Geschichte und Wissenschaft nicht unbedingt immer korrekt ist. Die Unterschiede zwischen der LCMS und der ELCA in Bezug auf die Autorität der Schrift erklären auch, warum die LCMS keine Frauen ordiniert (auf der Grundlage von 1. Korinther 14:33-36, 1. Timotheus 2:11-14), homosexuelles Verhalten als dem Willen Gottes widersprechend betrachtet (Römer 1:18-28, 1. Korinther 6:9) und die Ordination von praktizierenden Homosexuellen nicht zulässt.

2. Das Bekenntnis zu den lutherischen Bekenntnisschriften – Die ELCA bekräftigt zwar ihr Bekenntnis zum Evangelium Jesu Christi, wie es in den lutherischen Bekenntnisschriften bezeugt wird, neigt aber auch dazu, den historischen Charakter dieser Schriften zu betonen und die Möglichkeit des Dissenses zu konfessionellen Positionen aufrechtzuerhalten, die sich nicht direkt mit dem Evangelium selbst im engeren Sinne befassen.

3.Das Maß an Übereinstimmung, das notwendig ist, um sich in einer Kirchengemeinschaft zusammenzuschließen – Während die LCMS glaubt, dass die Bibel Übereinstimmung in allem, was die Bibel lehrt, verlangt, vertritt die ELCA die Auffassung, dass Meinungsverschiedenheiten in einigen Fragen der Lehre, wie z.B. der Art der Gegenwart Christi im Heiligen Abendmahl, die Kirchengemeinschaft nicht verbieten.

Und in Bezug auf die Wisconsin Evangelical Lutheran Synod (WELS) stellt die Missouri-Synode diese Unterschiede aus ihrer Sicht fest:

1.Das biblische Verständnis von Gemeinschaft – Die WELS hat ein, wie sie es nennt, „einheitliches Konzept“ von Gemeinschaft, das jeden gemeinsamen Ausdruck, jede Manifestation und Demonstration eines gemeinsamen Glaubens umfasst. Die LCMS sieht Kirchengemeinschaft auf verschiedenen Ebenen als möglich an, z.B. ist Gebetsgemeinschaft (die keine volle Übereinstimmung in der Lehre voraussetzt) möglich, auch wenn Altar- und Kanzelgemeinschaft (die volle Übereinstimmung in der Lehre voraussetzt) nicht möglich sein mag.

2. Die Lehre vom Amt – Für die LCMS ist das Amt des öffentlichen Dienstes (das Pastorenamt) gemäß der Heiligen Schrift das einzige göttlich
eingerichtete Amt in der Kirche, während die Kirche die Freiheit besitzt, von Zeit zu Zeit durch menschliche Einrichtung andere Ämter zu schaffen, die bei der Ausübung der Funktionen des Pastorenamtes helfen. Die „Thesen über Kirche und Amt“ der WELS leugnen jedoch ausdrücklich, dass das Hirtenamt im Gegensatz zu anderen Formen des öffentlichen Dienstes speziell vom Herrn eingesetzt ist.

3. Die Rolle der Frau in der Kirche – Während sowohl die LCMS als auch die WELS die Ordination von Frauen zum Hirtenamt aus biblischen Gründen entschieden ablehnen, ist die LCMS zu dem Schluss gekommen, dass die Heilige Schrift das Frauenwahlrecht in der Kirche nicht verbietet. Die WELS lehnt das Frauenwahlrecht in der Kirche ab, da es im Widerspruch zur Heiligen Schrift steht.