El sitio web del Sínodo de Missouri identifica tres áreas principales de diferencia entre la Iglesia Luterana Sínodo de Missouri (LCMS) y la Iglesia Evangélica Luterana en América (ELCA):

1.La doctrina y la autoridad de las Escrituras – La LCMS cree que la Biblia no tiene errores en todo lo que dice. La ELCA evita hacer tales declaraciones, sosteniendo que las Escrituras no son necesariamente siempre exactas en asuntos como la historia y la ciencia. Las diferencias entre la LCMS y la ELCA sobre la autoridad de las Escrituras también ayudan a explicar por qué la LCMS no ordena a las mujeres (basándose en 1 Corintios 14:33-36, 1 Timoteo 2:11-14), ve el comportamiento homosexual como contrario a la voluntad de Dios (Romanos 1:18-28, 1 Corintios 6:9) y no permite la ordenación de homosexuales practicantes.

2.El compromiso con los escritos confesionales luteranos – La ELCA, a la vez que afirma su compromiso con el Evangelio de Jesucristo tal y como lo atestiguan las confesiones luteranas, también tiende a enfatizar el carácter histórico de estos escritos y a mantener la posibilidad de disentir de las posiciones confesionales que no traten directamente del Evangelio mismo entendido en sentido estricto. Todos los pastores de la LCMS, por otro lado, están obligados a afirmar que las confesiones luteranas son una explicación correcta de las enseñanzas de las Escrituras.

3.El nivel de acuerdo necesario para unirse en un cuerpo eclesiástico – Mientras que la LCMS cree que la Biblia requiere un acuerdo en todo lo que la Biblia enseña, la ELCA sostiene que el desacuerdo en algunos asuntos de doctrina, como el modo de la presencia de Cristo en la Santa Comunión, no prohíbe la comunión eclesiástica.

Y con respecto al Sínodo Evangélico Luterano de Wisconsin (WELS), el Sínodo de Missouri identifica estas diferencias desde su perspectiva:

1.La comprensión bíblica del compañerismo – El WELS tiene lo que llama un «concepto de unidad» de compañerismo, que abarca toda expresión, manifestación y demostración conjunta de una fe común. La LCMS ve el compañerismo de la iglesia como posible en diferentes niveles, por ejemplo, el compañerismo de oración (que no requiere un acuerdo doctrinal completo) es posible incluso cuando el compañerismo de altar y púlpito (que requiere un acuerdo doctrinal completo) puede no ser posible.

2. La doctrina del ministerio – Para la LCMS, el oficio del ministerio público (el oficio pastoral) según las Escrituras es el único oficio divinamente
establecido en la iglesia, mientras que la iglesia posee la libertad de crear otros oficios, por institución humana, de vez en cuando para ayudar a llevar a cabo las funciones del ministerio pastoral. Las «Tesis sobre la Iglesia y el Ministerio» del WELS, sin embargo, niegan expresamente que el ministerio pastoral haya sido específicamente instituido por el Señor en contraste con otras formas de ministerio público.

3. El papel de la mujer en la iglesia – Mientras que tanto la LCMS como el WELS se oponen firmemente a la ordenación de mujeres al oficio pastoral por motivos bíblicos, la LCMS ha concluido que las Escrituras no prohíben el sufragio femenino en la iglesia. El WELS se opone al sufragio femenino en la iglesia por ser contrario a las Escrituras.