Tengo una experiencia limitada ya que sólo estoy en mi segundo playthrough sin embargo hasta ahora he observado –

Si te unes a los Minutemen terminarás aliado con el Ferrocarril y acabarás destruyendo la Hermandad del Acero y el Instituto.

Además, si has avanzado en las misiones de los Minutemen (hasta retomar el castillo incluido), durante la misión en la que el Instituto intenta «invitar» a Wallace a unirse a su equipo de Biociencias serán los Minutemen los que respondan a la llamada de auxilio de Wallace (dándote así la oportunidad de convencerles de que no lo hagan). Si no te has unido a los Minutemen, los Gunners aparecerán para responder a la llamada de auxilio de Wallace. Al progresar en la historia de los Minutemen también aparecerán numerosos grupos de Minutemen errantes patrullando por los páramos, además de desbloquear la artillería.

Si te unes a la Hermandad del Acero, declararás la guerra al Instituto y al Ferrocarril mientras te alías con los Minutemen.

Si te unes al Ferrocarril te aliarás con los Minutemen y destruirás a la Hermandad del Acero y al Instituto.

Si te unes al Instituto estarás aliado con los Minutemen y destruirás al Ferrocarril y a la Hermandad del Acero.

Después de completar la historia aliado con el Instituto, empiezan a aparecer grupos de synths por toda la mancomunidad anunciando que el Instituto está ahora al mando – también establecerán una variedad de puntos de control y recorrerán los páramos matando mutantes y asaltantes. A los distintos compañeros que usé durante mi partida no les importó que me hubiera aliado con el Instituto, sin embargo, espero que Deacon y Danse sí lo hagan (ya que destruiste sus facciones).

Independientemente de la elección que hagas,

«Padre» morirá, sin embargo la escena de corte será diferente si no estás aliado con el Instituto. Si atacas al Instituto lo perderás como lugar de viaje rápido. Cualquier facción que elimines no estará disponible para las misiones después de la cutscene final.