Hasta el estallido de la Segunda Guerra Mundial, el Challenger inspeccionó las aguas que rodean el Reino Unido, el Labrador, las Indias Occidentales y las Indias Orientales. El 23 de septiembre de 1932, chocó contra una roca a 6 millas náuticas (11 km) al norte de Ford’s Harbour, Labrador, en el Dominio de Terranova (56°28′30″N 61°10′00″W / 56.47500°N 61.16667°W) y quedó varado. Posteriormente fue reflotado.

De 1939 a 1942 sirvió en aguas nacionales y como escolta de convoyes. En junio y julio de 1941, junto con tres corbetas de la clase Flower, escoltó al buque de tropas Anselm, procedente de Gran Bretaña, que se dirigía a Freetown, Sierra Leona. Cuando el buque de tropas fue torpedeado al norte de las Azores, el Challenger y la corbeta HMS Starwort rescataron a cientos de supervivientes y luego los trasladaron al crucero mercante armado HMS Cathay.

De 1942 a 1946 el Challenger inspeccionó el Océano Índico y el Pacífico Occidental. Regresó a Chatham en 1946 para ser reacondicionado antes de volver al Golfo Pérsico a finales de 1946. Dejó el Golfo en 1947 y se dirigió a Chipre, donde un grupo de tierra registró las mareas. En diciembre de 1947, hombres del Challenger y de los dos destructores Cockade y Contest fueron desembarcados en Adén en un intento de restablecer el orden tras los disturbios antijudíos.

El Challenger dio la vuelta al mundo entre 1950 y 1953, lo que incluyó inspecciones en las Indias Occidentales y el Lejano Oriente. Fue en esta misión, en 1951, cuando Challenger inspeccionó la Fosa de las Marianas, cerca de Guam, incluyendo el punto más profundo conocido en los océanos, 11.033 metros (36.198 pies) de profundidad en su punto máximo, cerca de 11°21′N 142°12′E / 11.350°N 142.200°E. Este punto había sido bautizado con el nombre de «Challenger Deep» después de que fuera estudiado por primera vez en 1875 durante una expedición del anterior HMS Challenger. En enero de 1954, el Challenger regresó a Gran Bretaña, fue pagado y se deshizo en Dover.