Las últimas décadas han sido testigo de un crecimiento sin precedentes en la aplicación de los probióticos para promover la salud intestinal en general, así como su inicio como bioterapéuticos para aliviar ciertos trastornos clínicos relacionados con la disbiosis. Aunque numerosos estudios han corroborado el potencial restaurador de la salud de un grupo restringido de especies microbianas, la extrapolación comercializada de una etiqueta probiótica similar a un gran número de formulaciones microbianas parcialmente caracterizadas parece sesgada. En particular, los individuos en etapas neonatales y/o aquellos con algunas condiciones clínicas, incluyendo tumores malignos, intestino permeable, diabetes mellitus y convalecencia post-transplante de órganos, probablemente no se beneficien de los probióticos. Para agravar aún más las condiciones, algunas cepas probióticas podrían aprovecharse de la débil inmunidad de estos grupos vulnerables y convertirse en patógenos oportunistas que engendran neumonía, endocarditis y sepsis potencialmente mortales. Además, el uso no regulado y desenfrenado de probióticos puede conllevar el riesgo de transferencia de resistencia a los antibióticos mediada por plásmidos a los patógenos infecciosos del intestino. En esta revisión, analizamos las perspectivas de seguridad de los probióticos y sus intervenciones terapéuticas en determinados grupos de población de riesgo. Los argumentos e hipótesis expuestos ciertamente arrojarán luz sobre el hecho de que el uso de probióticos debe ser tratado con precaución.