El discurso dialéctico del «gen» como unidad de la herencia deducida del fenotipo, ya sea una variable interviniente o una construcción hipotética, pareció zanjarse con la presentación del modelo molecular del ADN: el gen se redujo a una secuencia de ADN que se transcribe en ARN que se traduce en un polipéptido; los polipéptidos pueden plegarse en proteínas que intervienen en el metabolismo y la estructura celulares, y por tanto en la función. Este camino resultaba más desconcertante cuanto más se descubría la regulación de los productos y las funciones en los contextos de los sistemas celulares integrados. Los filósofos que luchaban por definir un concepto unificado del gen como entidad básica de la genética (molecular) se enfrentaron a quienes sugerían varios «genes» diferentes según los marcos conceptuales de los experimentalistas. Los investigadores consideraban cada vez más los genes de facto como términos genéricos para describir sus datos empíricos, y con la mejora de las capacidades de secuenciación del ADN estas entidades eran, por regla general, secuencias de nucleótidos ascendentes que determinan funciones. Sólo recientemente los empíricos volvieron a discutir consideraciones conceptuales, incluyendo definiciones descendentes de unidades de función que a través de mecanismos celulares seleccionan las secuencias de ADN que comprenden las «huellas genómicas» de las entidades funcionales.