Las plantas necesitan raíces y, aunque algunas absorben agua y nutrientes del aire o de las plantas que las albergan, la mayoría tienen sus raíces firmemente incrustadas en el suelo y aquí veremos cuáles son sus funciones. En primer lugar, las raíces (con suerte) anclan la planta de forma segura en el suelo contra las sacudidas del viento y los animales que pasan. En segundo lugar, las plantas toman los nutrientes del suelo, el compost u otro medio de cultivo a través de sus raíces. El proceso básico es el mismo sea cual sea el tamaño de la planta, desde las alpinas que abrazan el suelo hasta los enormes árboles del bosque: son los pelos de las diminutas raicillas de los extremos del sistema radicular los que absorben el agua del suelo; las enormes y gruesas raíces que se ven en los árboles y arbustos sirven para anclar la planta firmemente en el suelo, extender las raíces funcionales por una gran superficie para llegar a la mayor parte del agua y transportar el agua y los nutrientes absorbidos a las partes funcionales de la planta por encima del suelo, como las hojas, para la fotosíntesis. Las plantas sólo absorben los nutrientes disueltos en el agua, por lo que éstos también llegan a través de los pelos de las raíces. En contra de la creencia común, las raíces no crecen hacia el agua -no pueden detectar el agua a distancia- pero sí crecen hacia abajo al detectar el centro de gravedad, una propiedad llamada geotropismo, y se extienden ramificándose hasta entrar en contacto con el agua del suelo.

Es bastante obvio, pues, que las raíces de las plantas necesitan agua en el suelo; lo que quizá no sea tan obvio es que también necesitan un suministro constante de oxígeno del aire en los espacios entre las partículas del suelo. El oxígeno es fundamental para que la «respiración» de todas las células vegetales libere energía, tanto para impulsar sus procesos como para crecer. Sin oxígeno, las raíces respiran sin oxígeno (anaeróbicamente) durante un corto periodo de tiempo, pero esto produce menos energía y subproductos tóxicos que empiezan a matar las células. Por eso el encharcamiento a largo plazo es un problema para las plantas que no están adaptadas a crecer en ciénagas o estanques. Una vez que los diminutos pelos de las raíces han muerto, necesitan ser reemplazados, utilizando la valiosa energía almacenada, una vez que el suelo se seca antes de que el resto de la planta pueda empezar a crecer.

La única buena noticia es que las plantas inactivas en invierno necesitan mucha menos energía y por lo tanto generalmente sobreviven a las inundaciones durante más tiempo que las plantas que crecen activamente en la primavera y el verano. Si tienes problemas de inundación o encharcamiento en parte de tu jardín, considera la posibilidad de mejorar la estructura del suelo para aumentar el drenaje natural o incluso instalar desagües en el suelo para llevar el exceso de agua. También puede canalizar sus recursos naturales para crear un jardín de pantano.