Fino allo scoppio della seconda guerra mondiale, la Challenger sorvegliò le acque intorno al Regno Unito, il Labrador, le Indie occidentali e le Indie orientali. Il 23 settembre 1932, colpì uno scoglio a 6 miglia nautiche (11 km) a nord di Ford’s Harbour, Labrador, nel dominio di Terranova (56°28′30″N 61°10′00″W / 56.47500°N 61.16667°W) e si arenò. Fu poi rimessa a galla.

Dal 1939 al 1942 servì in acque interne e come scorta ai convogli. Nel giugno e luglio 1941 insieme a tre corvette della classe Flower scortò la nave militare Anselm dalla Gran Bretagna in rotta per Freetown, Sierra Leone. Quando la nave truppe fu silurata a nord delle Azzorre, la Challenger e la corvetta HMS Starwort salvarono centinaia di sopravvissuti e poi li trasferirono all’incrociatore armato HMS Cathay.

Dal 1942 al 1946 la Challenger fece un’ispezione nell’Oceano Indiano e nel Pacifico occidentale. Tornò a Chatham nel 1946 per un refit prima di tornare nel Golfo Persico alla fine del 1946. Lasciò il Golfo nel 1947 e andò a Cipro dove una squadra a terra registrò le maree. Poi procedette a Gibilterra per un altro refit nel bacino di carenaggio.

Nel dicembre 1947 gli uomini del Challenger e dei due cacciatorpediniere Cockade e Contest furono sbarcati ad Aden nel tentativo di ristabilire l’ordine in seguito ai disordini antiebraici.

Circondò il mondo dal 1950 al 1953 che includeva il rilevamento nelle Indie occidentali e in Estremo Oriente. Fu in questa missione, nel 1951 che Challenger rilevò la Fossa delle Marianne vicino a Guam, compreso il punto più profondo conosciuto negli oceani, 11.033 metri (36.198 piedi) di profondità massima, vicino a 11°21′N 142°12′E / 11.350°N 142.200°E. Questo punto era stato chiamato Challenger Deep dopo essere stato rilevato per la prima volta nel 1875 durante una spedizione di una precedente HMS Challenger. Nel gennaio 1954, la Challenger tornò in Gran Bretagna, pagata, e fu sciolta a Dover.