Viroïden zijn kleine, naakte besmettelijke RNA-moleculen. De term viroïde werd bedacht door T.O. Diener (1971) om het veroorzakend agens van de aardappelspindelknolziekte te beschrijven.
Prionen zijn besmettelijke proteïnedeeltjes die neurologische degeneratieve ziekten bij mens en dier veroorzaken. Stanley B. Prusiner ontdekte prionen.

Viroïden:

1. Het is een besmettelijk RNA-deeltje

2. Viroid wordt gevormd uit slechts klein enkelstrengs circulair RNA

3. Een eiwitmantel is afwezig.

4. Viroïden worden geïnactiveerd door ribonuclease digestie maar zijn resistent tegen proteinase K en trypsine digestie

5. Viroid is kleiner dan virussen

6. Viroid infecteert alleen hogere planten (Uitzondering: hepatitis D virus bij de mens is vergelijkbaar met viroid)
Gemeenschappelijke plantenziekten zijn onder meer Aardappelspindelknolziekte, Chrysanthemum stuntziekte.

Prionen:

1. Het is een besmettelijk eiwitdeeltje

2. Het bestaat alleen uit eiwitten

3. RNA of DNA is afwezig

4. Prionen worden geïnactiveerd door proteïnase K en trypsine-vertering, maar zijn resistent tegen ribonucleasebehandeling

5. Meestal kleiner dan viroïde

6. Prionen infecteren dieren en veroorzaken neurologische degeneratieve ziekten

“Gekke koeienziekte” (Boviene spongiforme encefalopathie) bij koeien en Scrapie-ziekte bij schapen en geiten.

De ziekte van Creutzfeldt-Jakob (CJD), Kuru en het syndroom van Gerstmann-Strausler-Sheinker bij de mens.