Geboren op 11 februari 1805 in Fort Mandan, was Jean Baptiste Charbonneau de zoon van de Frans-Canadese tolk Touissant Charbonneau en zijn Shoshone vrouw Sacagawea.
Wis en Clark arriveerden in het Hidatsa-Mandan gebied in oktober 1804 en huurden de oudere Charbonneau en Sacagawea in als tolkenteam. De kapiteins hadden vernomen dat de Shoshones een grote kudde paarden hadden. Zij wilden Sacagawea, die Shoshone sprak, graag met hen mee hebben om te onderhandelen over paarden die nodig waren om de westelijke bergen over te steken, ondanks het feit dat zij op dat moment zes maanden zwanger was.
Terwijl de expeditie overwinterde in Fort Mandan, noteerde Lewis op 11 februari 1805 de geboorte van Jean Baptiste als volgt: Rond vijf uur vanavond is een van de vrouwen van Charbonneau bevallen van een mooie jongen. Het is vermeldenswaard dat dit het eerste kind was dat deze vrouw baarde, en zoals gebruikelijk in dergelijke gevallen was haar bevalling moeizaam en de pijn hevig. Lewis vertrouwde op haar om als vertaalster op te treden met de Shoshone en was bezorgd over haar veilige bevalling. In een poging haar te helpen het kind ter wereld te brengen, gaf hij raad aan anderen en diende vervolgens een klein mengsel van water en de verbrijzelde ringen van een ratelslang toe om de bevalling op gang te helpen. Hoewel Lewis sceptisch stond tegenover deze behandeling, blijkt uit zijn dagboek dat zij kort na het gebruik van het ratelslangdrankje beviel: Of dit medicijn werkelijk de oorzaak was of niet zal ik niet vaststellen, maar … ze had het niet meer dan tien minuten ingenomen voordat ze beviel.
Het nieuwste lid van de 33-koppige expeditie, Jean Baptiste was een gezonde en actieve jongen, een grote favoriet van Clark, die hem de bijnaam Pomp and Pompy gaf, voor zijn pompeuze kleine dansende jongens capriolen. Op 7 april 1805, met zijn moeder in een pirogue (rivierboot), sloot de 55 dagen oude Jean Baptiste zich aan bij de expeditie toen het korps Fort Mandan verliet om hun reis voort te zetten naar de Rocky Mountains en het Sacagaweas volk.
Vankelijk voor kinderziektes, werd Baptiste ernstig ziek tijdens de terugreis in de lente van 1806. Terwijl het korps vertraging opliep door diepe sneeuw die de Lolo Trail door de Bitterroot Mountains bedekte, kreeg de jongen hoge koorts en een gezwollen nek en keel, aanwijzingen voor misschien de bof of tonsillitis (en misschien tandjes krijgen). De kapiteins pasten op zijn nek, kompressen van wilde uien en een pleister van sarve (zalf) gemaakt van de rozen van de langbladige den, Beaswax en berenolie gemengd, wat resulteerde in zijn herstel binnen twee en een halve week.
Clark, die een klein detachement leidde dat de familie Charbonneau omvatte, verkende de Yellowstone Rivier tijdens de terugreis. Op 25 juli 1806 stuitten zij op een ongewone, vrijstaande zandsteenformatie aan de zuidoever van de rivier, die door kapitein Clark Pompys Tower werd genoemd naar de anderhalf jaar oude Jean Baptiste. Tegenwoordig Pompeys Pillar genoemd, etste Clark, onder een beschermde, natuurlijke overhang, zijn eigen naam en de datum 25 juli, zijn geboortedag. Clarks ets, nu bewaard onder een onbreekbaar glazen schild, wordt beschouwd als het enige blijvende fysieke bewijs dat het Korps tijdens de reis op het landschap achterliet. Naast de zuil gaf Clark een nabijgelegen beek de naam Baptiests Creek ter ere van de jongen.
De jongen trof een dwingende genegenheid in het hart van Clark. Op 17 augustus, toen het korps weer in de Hidatsa-Mandan dorpen aankwam en afscheid nam van de familie Charbonneau, bood Clark aan het kind op te voeden als zijn eigen zoon. Omdat Jean Baptiste echter nog niet gespeend was, werd besloten dat de ouders van de jongen hem op een later tijdstip naar Clark zouden brengen. In een brief aan Touissant Charbonneau, die toen uit het korps was ontslagen, schreef Clark:
Wat betreft uw kleine zoon (mijn jongen Pomp) u weet heel goed hoe dol ik op hem ben en hoe graag ik hem wil nemen en opvoeden als mijn eigen kind. Ik zeg je nogmaals dat als je je zoon Baptiest bij me brengt, ik hem zal opvoeden en behandelen als mijn eigen kind – ik vergeet de beloften die ik je heb gedaan niet en zal ze nu herhalen, zodat je er zeker van bent -Charbono, als je bij de blanken wilt wonen en bij me komt, zal ik je een stuk land geven en je voorzien van paarden, koeien, &varkens…Wensend u en uw familie veel voorspoed & met angstige verwachtingen van het zien van mijn kleine dansende jongen Baptiest zal ik uw vriend blijven.
In 1809 reisden Touissant Charbonneau en Sacagawea de Missouri af naar St. Louis met Jean Baptiste. Toussaint, samen met alle mannen die bij de expeditie waren ingedeeld, ontvingen elk een landmachtbewijs ter waarde van 320 acres. Dit, plus de bon voor $533,33, zijn loon voor zijn tolkdiensten (Sacagawea kreeg niets), was inderdaad een fortuin voor een man met zulke beperkte economische middelen. Toussaint was echter niet in de stemming om de grond te bewerken, en op 26 maart 1811 droeg hij zijn landtitel voor $100,00 over aan Clark. In april gingen hij en Sacagawea aan boord van een schuit van de Missouri Fur Company, op weg naar het hoge Missouri land, en lieten Baptiste achter onder Clark’s hoede, zodat de jongen met zijn opleiding kon beginnen.
Toen hij zijn schoolopleiding in St. Louis had voltooid, keerde Baptiste terug naar het leven aan de grens. In 1823, toen hij 18 jaar oud was en in een handelaarsdorp aan de monding van de Kansas rivier woonde, ontmoette hij prins Paul Wilhelm van Wuertemberg, Duitsland, die op een wetenschappelijke missie naar Amerika was. Baptistes ongewone combinatie van grensvaardigheden en culturele verworvenheden intrigeerde de prins, die hem onder zijn hoede nam. De jongeman vergezelde Paul naar Europa, waar hij werd blootgesteld aan de geraffineerde, aristocratische omgeving van een Duits hof. Baptiste genoot zes jaar lang van de koninklijke levensstijl, hij sprak vier talen vloeiend en kreeg een achtergrond die hem later zou kenmerken als een culturele anomalie aan de westelijke grens.
Teruggekeerd naar Amerika in 1829, zette hij zijn gecultiveerde manieren aan de kant en verviel in het ruige bestaan van een bergman. Hij doorkruiste de lengte en breedte van het Amerikaanse Westen, waar hij jaagde, vallen zette, gidste en op verkenning ging. In 1846-1847 verkende hij voor het Mormonen Bataljon de weg naar het westen, van New Mexico naar Californië. In 1847 werd hij ontslagen en benoemd tot Alcalde van de San Luis Rey Missie, een ambt vergelijkbaar met dat van een magistraat.
Gekweld door het misbruik van landeigenaren jegens bepaalde Indianen (die als virtuele slaven werden behandeld), legde hij zijn officiële taken neer en begaf zich in de hectische stormloop van de Californische goudkoorts. Hij werd blijkbaar niet rijk, want in 1861 stond hij te boek als hotelbediende in Auburn, Californië. In 1866 verliet hij Auburn met twee metgezellen en ging op weg naar nieuwe goudvondsten in Montana. Onderweg stierf Jean Baptiste, 61 jaar oud, aan longontsteking en werd begraven op een afgelegen, primitief kerkhof in het piepkleine gehuchtje Danner in de Jordaanvallei, Oregon. Op 14 maart 1973 werd zijn begraafplaats opgenomen in het National Register of Historic Places.