Jackson bereikte Bristoe Station aan de Orange and Alexandria Railroad in de namiddag van de 26ste, waar zijn troepen overgingen tot het vernielen van twee treinen en het verwoesten van verscheidene mijlen spoorrails. Toen hij vernam dat er een bevoorradingsdepot van de Unie was in Manassas Junction enkele mijlen naar het noordoosten, zond Jackson de brigade van Isaac R. Trimble samen met cavaleriesteun af om het kruispunt in te nemen. Na een nachtelijke mars zette Trimble een aanval in die het kleine garnizoen van de Unie overviel, waarbij meer dan 300 gevangenen en acht kanonnen werden buitgemaakt, met verlies van vier man. Nadat Pope ’s nachts bericht had ontvangen van de aanval van de Geconfedereerden op Manassas Junction, probeerde hij verschillende Unie-colonnes tegen Jackson’s vleugel op te zetten om zo de Geconfedereerden te omsingelen. Hij liet het leger van Virginia in noordoostelijke richting naar Manassas marcheren en beval detachementen van de strijdkrachten van de Unie in Washington om zich per spoor in westelijke richting naar Manassas te verplaatsen. De brigades van George W. Taylor en E. Parker Scammon begonnen op de ochtend van 27 augustus. Ondertussen liet Jackson de divisie van Richard S. Ewell achter in Bristoe’s Station om te kijken of er troepen van de Unie waren en verplaatste de divisies van A.P. Hill en William B. Taliaferro om de brigade van Trimble te versterken.
Net toen de divisie van Hill bij Manassas Junction aankwam, werd Trimble aangevallen door de 2nd New York Heavy Artillery, maar de aanval werd snel afgeslagen met de hulp van Hill. Op dat moment arriveerde Taylor met de trein en, niet wetende dat hij in de minderheid was, zette hij zijn brigade in voor een aanval. Zwaar vuur van de Geconfedereerden, vooral van de artillerie, deed Taylors brigade op hol slaan en Taylor zelf werd dodelijk gewond. Scammon’s twee regimenten arriveerden en dienden als achterhoede om de terugtocht van de Unie te dekken. De Unie verloor in totaal bijna 450 man (inclusief meer dan 200 gevangenen), terwijl de Confederatie slechts vijfentwintig man verloor.
Naar het westen zette Ewell zijn divisie in langs Kettle Run om Jackson’s achterhoede te beschermen tegen Pope’s troepen. Joseph Hooker’s divisie van het IIIe Korps van de Unie ontmoette Ewell’s schermruiters voor het eerst rond 14.30 uur. Ewell kon zijn positie meer dan een uur handhaven, maar Hooker bracht toen zijn eigen artillerie in stelling en probeerde de Geconfedereerde linie te omsingelen. Kort na 16.00 uur ontving Ewell orders van Jackson om zich terug te trekken naar Manassas Junction en maakte zich met succes los; Hooker was niet in staat te achtervolgen vanwege de brug over Broad Run naar het noorden die in brand stond. Ewell verloor minder dan 150 man in het gevecht, terwijl Hooker 400 man verloor.