In 1592 werd de vervolging hervat, en verscheidene Japanse bekeerlingen ontvingen de kroon van het martelaarschap. Keizer Tagcosama, een van de meest trotse en wrede mannen, werd tot razernij en jaloezie gedreven door het vermoeden van enkele Europese kooplieden die het monopolie op deze handel wensten, dat de missionarissen met de prediking van het christelijk geloof de verovering van hun land door de Portugezen of Spanjaarden wilden vergemakkelijken.

Drie Jezuïeten en zes Franciscanen werden in 1597 op een heuvel bij Nangasaqui gekruisigd. De laatsten waren deels Spanjaarden en deels Indianen, en hadden aan het hoofd F. Peter Baptist, commissaris van zijn orde, een inwoner van Avila, in Spanje. Een van de Jezuïeten was Paul Miki, een nobele Japanner en een eminent prediker, op dat moment drieëndertig jaar oud. De andere twee, John Gotto en James Kisai, waren kort voor hun lijden in de gevangenis in de Sociëteit opgenomen. Verscheidene Japanse bekeerlingen leden met hen mee. De martelaren waren zesentwintig in getal, waaronder drie jongens die de broeders bedienden bij de mis; twee van hen waren vijftien jaar oud, de derde pas twaalf, maar toch toonden allen grote vreugde en standvastigheid in hun lijden. Vierentwintig van deze martelaren waren naar Meaco gebracht, waar alleen een deel van hun linkeroor was afgesneden, door een verzachting van het vonnis, dat de amputatie van hun neuzen en beide oren had bevolen. Zij werden door vele steden en openbare plaatsen gevoerd, hun wangen met bloed bevlekt, om anderen schrik aan te jagen. Toen de zesentwintig soldaten van Christus op de executieplaats bij Nangasaqui waren aangekomen, mochten zij hun biecht afleggen bij twee Jezuïeten van het klooster in die stad, en werden, vastgemaakt aan kruizen met koorden en kettingen om hun armen en benen, en een ijzeren halsband om hun nek, in de lucht gehesen, waarbij de voet van elk kruis in een daarvoor gemaakt gat in de grond viel. De kruisen werden op een rij gezet, ongeveer vier voet van elkaar, en elke martelaar had een beul bij zich met een speer klaar om zijn zijde te doorboren; want dat is de Japanse manier van kruisiging. Zodra alle kruisen waren geplaatst, hieven de beulen hun lansen op, en op een gegeven signaal doorboorden allen de martelaren bijna op hetzelfde moment; waarop zij stierven, en gingen om de beloning van hun lijden te ontvangen. Hun bloed en kledingstukken werden door Christenen verkregen, en wonderen werden door hen verricht. Urbanus VIII rangschikte hen onder de martelaren, en zij worden vereerd op 5 februari, de dag van hun triomf.