San Francisco Bay, 50 mi (80 km) lang en van 3 tot 13 mi (4.8-21 km) breed, W Calif.; binnengevaren door de Golden Gate, een zeestraat tussen twee schiereilanden. De baai is op sommige plaatsen wel 30 m diep, met een kanaal van 15 m diep dat door de zandbank voor de Golden Gate loopt. San Francisco ligt op het zuidelijke schiereiland; op het noordelijke schiereiland liggen de woonwijken van Marin co., terwijl op de oostelijke oever van de halvemaanvormige baai industriesteden als Alameda, Oakland, Berkeley, en Richmond liggen. De Santa Clara vallei, deel van een grote depressie parallel aan de kust, is het landinwaarts verlengde van de baai. Angel Island, Alcatraz, en Yerba Buena Island met het naburige Treasure Island (plaats van een internationale expositie, 1939-40) liggen in de baai. Met San Pablo Bay en Suisun Bay is de natuurlijke haven van San Francisco Bay een van de beste ter wereld. Aan deze secundaire baaien en aan de Straat van Carquinez, die ze verbindt, liggen de steden Vallejo, Benicia, Martinez en Pittsburg. De Bay Area wordt bediend door een netwerk van bruggen, waarvan de belangrijkste de Golden Gate Bridge, de San Francisco-Oakland Bay Bridge, de Richmond-San Rafael Bridge en de San Mateo-Hayward Bridge zijn. De Trans-Bay Tube, een tunnel van 5,6 km lang tussen San Francisco en Oakland, is een van de langste onderzeese sneltrambuizen ter wereld. De tunnel werd speciaal gebouwd om aardbevingsschokken op te vangen. Verschillende faciliteiten van de Amerikaanse marine bevinden zich in de regio. De Engelse zeevaarder Sir Francis Drake bezocht de baai in 1579; de Spanjaarden verkenden hem meer in de late 18e eeuw.