Baía de São Francisco, 50 mi (80 km) de comprimento e de 3 a 13 mi (4,8-21 km) de largura, W Calif.; entrou através da Golden Gate, um estreito entre duas penínsulas. A baía tem uma profundidade de 30 m (100 pés) em pontos, com um canal de 15 m (50 pés) de profundidade mantido através do banco de areia ao largo da Golden Gate. São Francisco fica na península do sul; na península do norte são os subúrbios residenciais de Marin co., enquanto na margem leste da baía em forma de crescente são cidades industriais como Alameda, Oakland, Berkeley, e Richmond. O Vale de Santa Clara, parte de uma grande depressão paralela à costa, é a extensão terrestre da baía. Ilha Angel, Alcatraz e Ilha Yerba Buena com a vizinha Ilha do Tesouro (local de uma exposição internacional, 1939-40) estão na baía. Com a baía de San Pablo e Suisun Bay, o porto natural da baía de San Francisco é um dos melhores do mundo. Nessas baías secundárias e no Estreito de Carquinez, que as liga, estão as cidades de Vallejo, Benicia, Martinez e Pittsburg. A Bay Area é servida por uma rede de pontes, das quais as mais importantes são a Ponte Golden Gate, a Ponte San Francisco-Oakland Bay, a Ponte Richmond-San Rafael, e a Ponte San Mateo-Hayward. O Trans-Bay Tube, um túnel de 5,6 km de comprimento entre São Francisco e Oakland, é um dos mais longos tubos submarinos de trânsito rápido do mundo. O túnel foi especialmente construído para absorver os tremores de terra. Diversas instalações da Marinha dos EUA estão localizadas na região. O navegador inglês Sir Francis Drake visitou a baía em 1579; os espanhóis a exploraram mais completamente no final do século XVIII.