O método mais comum de controlo de pragas é o uso de pesticidas-químicos que ou matam pragas ou inibem o seu desenvolvimento. Os pesticidas são muitas vezes classificados de acordo com a praga que se destinam a controlar. Por exemplo, os insecticidas são usados para controlar insectos; herbicidas para controlar plantas; fungicidas, fungos; rodenticidas, roedores; avicidas, aves; e bactericidas para controlar bactérias. Os pesticidas também incluem quimioterilantes e reguladores de crescimento, que são usados para interferir com a reprodução ou desenvolvimento normal da praga.

O controle químico de pragas provavelmente começou com compostos venenosos de plantas. Nos séculos XVIII e XIX, os agricultores moíam certas plantas que eram tóxicas para insetos ou roedores-plantas, como crisântemos ou tabaco. A “sopa” vegetal era então aplicada directamente nas culturas ou nas pragas. Os químicos descobriram mais tarde que podiam extrair os compostos tóxicos destas plantas venenosas e aplicar os compostos como sprays líquidos. Produtos químicos como nicotina, petróleo, alcatrão de carvão, creosote, terebintina e piretro (obtido de um tipo de crisântemo) foram eventualmente extraídos para serem usados como pulverizadores. Compostos orgânicos como estes foram eventualmente substituídos por químicos inorgânicos mais eficazes, incluindo arsênico, cal, enxofre, estricnina e cianeto.

Com o advento dos compostos orgânicos sintéticos durante a Segunda Guerra Mundial, uma mudança dramática ocorreu no controle de pragas. A descoberta das propriedades inseticidas dos compostos sintéticos DDT (diclorodifeniltricloroetano) – que era amplamente utilizado contra insetos disseminadores de doenças – durante a guerra e o BHC (hexacloreto de benzeno) tornou a noção de culturas livres de pragas realista. O desenvolvimento de outro composto orgânico sintético, o herbicida seletivo 2,4-D (ácido 2,4-diclorofenoxiacético), levou ao desenvolvimento de outros herbicidas seletivos.

Com a descoberta do DDT, 2,4-D e BHC, os pesquisadores começaram a desenvolver outros pesticidas orgânicos sintéticos, especialmente reguladores de crescimento, quimioterilantes, piretróides (compostos com propriedades inseticidas semelhantes às do piretro), e produtos químicos organofosfatados. Esta pesquisa se expandiu a fim de desenvolver outros métodos não químicos de controle de pragas após o reconhecimento da persistência nociva de pesticidas no meio ambiente. Foi descoberto nos anos 50 que o DDT e seus compostos relacionados não são facilmente decompostos no meio ambiente. A alta estabilidade do DDT leva ao seu acúmulo em insetos que constituem a dieta de outros animais. Estes altos níveis de DDT têm efeitos tóxicos nos animais, especialmente em certas aves e peixes. Os cientistas também descobriram que muitas espécies de insetos desenvolvem rapidamente populações resistentes ao pesticida. (Ver também ecologia; poluição, ambiente.)

Nos anos 60, o valor do DDT como insecticida tinha diminuído, e nos anos 70 foram impostas severas restrições ao seu uso. Nos Estados Unidos, o Federal Environmental Pesticide Control Act de 1972 e o Federal Insecticide, Fungicide, and Rodenticide Act, aprovados em 1972, exigiam que os fabricantes de pesticidas realizassem testes científicos sobre a atividade biológica, defectividade, persistência e toxicidade de qualquer novo pesticida antes que o produto químico pudesse ser comercializado. No final da década de 1980, o custo médio para desenvolver e registrar um produto pesticida era de 10 milhões de dólares. Nos anos 60 e 70, foram levantadas objecções públicas sobre o uso indiscriminado de pesticidas. A Agência de Proteção Ambiental (EPA) foi criada em 1970 para verificar danos passados e possíveis danos futuros que poderiam ocorrer ao meio ambiente como resultado do uso generalizado de pesticidas, e para estabelecer programas de combate a problemas ambientais.

Um conceito alternativo de manejo integrado de pragas foi adotado para muitas pragas agrícolas. Esta abordagem envolve métodos não químicos de controle de pragas, incluindo exclusão de culturas, rotação de culturas, saneamento e controle biológico. Estes métodos aumentam outros programas de controle de pragas concebidos para minimizar o uso de pesticidas.