Na descendência dos cruzamentos entre os simuladores de Drosophila e o seu derivado da ilha Drosophila mauritiana, os híbridos femininos são férteis, mas os masculinos são estéreis. Estudos recentes mostraram que um gene crítico para a determinação do gênero em Drosophila conhecido como o gene sex-lethal é altamente desregulado em híbridos de D. melanogaster e D. simulans, em comparação com o grau de desregulação dos genes não-sexuais estudados. O gene sexual letal é muitas vezes anormalmente expresso em híbridos masculinos de mães D. melanogaster como resultado da re-localização do complexo específico masculino para o cromossomo X, o que contribui para a esterilidade masculina. Anormalidades no conjunto espermático foram encontradas em muito poucos indivíduos durante seu estágio larval, o que significa que perturbações na espermatogênese muito provavelmente ocorrem durante estágios posteriores da vida.
Experimentos envolvendo cruzamentos entre D. pseudoananassae e D. bipectinata, D. pseudoananassae e D. parabipectinata, e D. pseudoananassae e D. malerkotliana mostraram ainda que o cromossomo Y tem um papel na esterilidade masculina híbrida. As possíveis interações do cromossomo Y são X-Y, Y-autosoma e Y-cytoplasma. Os machos estéreis transportam um conjunto de autossomas específicos para o cromossoma Y, o que resulta em fertilidade devido às interações autossômicas dominantes em Y. Portanto, as interações Y-autosoma são descartadas neste tipo de esterilidade híbrida.
Os fatores citoplasmáticos podem ser compatíveis entre estas espécies, tais fatores também são descartados como causa da esterilidade.
No entanto, em Drosophila paulistorum há informações que sugerem que se o cromossomo Y e o citoplasma são de pais diferentes, o macho é geralmente estéril. As interações X-Y são a causa mais provável de esterilidade em híbridos masculinos. Tem sido demonstrado que organismos cruzados que têm mais compatibilidades genéticas têm menos perturbações na espermatogênese e testes de tamanho normal, enquanto espécies menos compatíveis geneticamente têm maiores perturbações na espermatogênese e geralmente têm testes atrofiados.
Outra possível causa de esterilidade entre espécies em que a presença ou ausência de um ou outro cromossomo sexual determina o sexo, é se um cromossomo sexual de uma espécie tem alelos recessivos interagindo com alelos autossômicos da espécie em acasalamento. Isso pode fazer com que o cromossoma sexual heterogêneo do híbrido seja inviável ou estéril, mas os cromossomos sexuais homogêneos serão férteis. Conseqüentemente, em espécies onde a presença ou ausência de um cromossomo Y determina o sexo, por exemplo, indivíduos portadores de cromossomos XY (machos) serão estéreis e aqueles portadores de XX (fêmeas) serão férteis. Isto está intimamente relacionado à regra de Haldane.
Também foi demonstrado que infecções microbianas de invertebrados podem causar modificação do gênero e da fertilidade da descendência do hospedeiro. Por exemplo, infecções de nematódeos ou de artrópodes, incluindo Drosophila, espécie da bactéria rickettsial Wolbachia pode produzir uma esterilidade específica masculina, que é congênita por meio da transmissão através da linha feminina.