Ferdinand II, um membro da Casa dos Habsburgos, foi o Santo Imperador Romano, Rei da Boémia, e Rei da Hungria e Croácia. Era filho do Arquiduque Carlos II da Áustria Interior, e Maria da Baviera. Seus pais eram católicos devotos e, em 1590, enviaram-no para estudar no colégio dos jesuítas em Ingolstadt, porque queriam isolá-lo dos nobres luteranos. Em Julho desse mesmo ano, quando Fernando Fernando tinha 12 anos, o seu pai morreu e herdou o interior da Áustria-Estíria, Caríntia, Carniola e províncias mais pequenas. Seu primo, o sem filhos Rudolf II, Santo Imperador Romano, que era o chefe da família Habsburgo, nomeou regentes para administrar estas terras.
Ferdinand foi instalado como o atual governante das províncias do interior da Áustria em 1596 e 1597. Seu primo Rudolph II também o encarregou do comando da defesa da Croácia, Eslavônia e sudeste da Hungria contra o Império Otomano. Ferdinando considerou a regulamentação das questões religiosas como uma prerrogativa real e introduziu medidas rigorosas de Contra-Reforma a partir de 1598. Primeiro, ordenou a expulsão de todos os pastores e professores protestantes; depois, estabeleceu comissões especiais para restaurar as paróquias católicas.