Até ao início da Segunda Guerra Mundial, Challenger pesquisou as águas ao redor do Reino Unido, Labrador, as Índias Ocidentais e as Índias Orientais. Em 23 de setembro de 1932, ela atingiu uma rocha a 6 milhas náuticas (11 km) ao norte do Porto da Ford, Labrador, no Dominion of Newfoundland (56°28′30″N 61°10′00″W / 56,47500°N 61,16667°W) e foi atingida. Mais tarde ela foi reflutuada.

De 1939 a 1942 ela serviu nas águas de casa e como escolta de comboios. Em junho e julho de 1941, ela e três corvetas de classe Flower escoltaram o navio de tropas Anselm da Grã-Bretanha em rota para Freetown, Serra Leoa. Quando o navio de tropas foi torpedeado ao norte dos Açores, Challenger e o corvette HMS Starwort resgataram centenas de sobreviventes e depois os transferiram para o cruzador mercante armado HMS Cathay.

De 1942 a 1946, Challenger foi pesquisado no Oceano Índico e no Pacífico Ocidental. Ela retornou a Chatham em 1946 para uma remodelação antes de retornar ao Golfo Pérsico no final de 1946. Ela deixou o Golfo em 1947 e foi para Chipre, onde um grupo em terra registrou as marés. Em Dezembro de 1947, homens de Challenger e dos dois destruidores Cockade and Contest foram desembarcados em Aden, numa tentativa de restaurar a ordem após um motim anti-judaico.

Ela circum-navegou o Mundo de 1950 a 1953, o que incluiu levantamentos nas Índias Ocidentais e no Extremo Oriente. Foi nesta missão, em 1951, que Challenger levantou a Fossa das Marianas perto de Guam, incluindo o ponto mais profundo conhecido dos oceanos, 11.033 metros (36.198 pés) de profundidade no seu máximo, perto de 11°21′N 142°12′E / 11.350°N 142.200°E. Este ponto tinha sido nomeado Challenger Deep depois de ter sido pesquisado pela primeira vez em 1875, durante uma expedição de um HMS Challenger anterior. Em janeiro de 1954, o Challenger retornou à Grã-Bretanha, pagou, e foi dividido em Dover.