Nascido em 11 de fevereiro de 1805, em Fort Mandan, Jean Baptiste Charbonneau era filho do intérprete francês canadense Touissant Charbonneau, e sua esposa Shoshone, Sacagawea.
Lewis e Clark chegaram ao território Hidatsa-Mandan em outubro de 1804 e contrataram o mais velho Charbonneau e Sacagawea como equipe de intérpretes. Os capitães souberam que os Shoshones tinham uma grande manada de cavalos. Eles estavam ansiosos para ter Sacagawea, que falava Shoshone, para acompanhá-los na negociação de cavalos necessários para atravessar as montanhas do oeste, apesar de que ela estava grávida de seis meses na época.
A expedição invernou em Fort Mandan, Lewis, em 11 de fevereiro de 1805, registrou o nascimento de Jean Baptiste da seguinte forma: Por volta das cinco horas desta noite, uma das esposas de Charbonneau deu à luz um belo rapaz. É digno de nota que este foi o primeiro filho que esta mulher teve, e como é comum nestes casos o seu trabalho de parto era tedioso e a dor violenta. Confiando nela para agir como tradutora com o Shoshone, Lewis estava preocupado em que ela desse à luz em segurança. Num esforço para ajudá-la a dar à luz a criança, ele aconselhou com outros e depois administrou uma pequena mistura de água e os anéis esmagados de uma cascavel para ajudar a induzir o parto. Embora Lewis fosse cético em relação a esse tratamento, seu diário indica que ela deu à luz logo após consumir a poção da cascavel: Se este medicamento foi realmente a causa ou não, não me comprometerei a determinar, mas… ela não o tinha tomado mais de dez minutos antes de o trazer.
O mais novo membro da expedição de 33 membros, Jean Baptiste era um rapaz saudável e activo, um grande favorito de Clark, que o apelidou de Pomp e Pompy, pelos seus pomposos e pequenos dançarinos. Em 7 de abril de 1805, cavalgando em um pirogue (barco fluvial) com sua mãe, Jean Baptiste, de 55 dias, juntou-se à expedição quando o Corpo partiu de Fort Mandan para continuar sua jornada em direção às Montanhas Rochosas e ao povo Sacagaweas.
Susceptível a doenças infantis, Baptiste experimentou uma grave doença durante a viagem de volta na primavera de 1806. Enquanto o Corpo foi atrasado pela neve profunda que cobria a Trilha Lolo através das Montanhas Bitterroot, o menino contraiu uma febre alta e um pescoço e garganta inchados, indicações de talvez a papeira ou amigdalite (e talvez os dentes). Os capitães aplicaram-lhe no pescoço, cataplasmas de cebolas selvagens e um gesso de sarve (salva) feito do pinho de folha longa, cera de béas e óleo de ursos misturados, resultando na sua recuperação em duas semanas e meia.
Clark, liderando um pequeno destacamento que incluía a família Charbonneau, explorou o rio Yellowstone durante a viagem de regresso. Em 25 de julho de 1806, eles encontraram uma formação de arenito incomum e livre na margem sul do rio que o Capitão Clark chamou de Torre Pompys em homenagem ao Jean Baptiste de um ano e meio de idade. Chamado hoje, Pompeys Pillar, Clark, sob um sobrado protegido e natural, gravou seu próprio nome e a data de 25 de julho, seu aniversário. Clarks gravura, agora preservada sob um inquebrável escudo de vidro, é considerada a única evidência física duradoura que o Corpo deixou na paisagem durante a viagem. Além do pilar, Clark nomeou um riacho próximo Baptiests Creek em homenagem ao rapaz.
O jovem atingiu um carinho irresistível no coração de Clark. Em 17 de agosto, quando o Corpo chegou de volta às aldeias Hidatsa-Mandan e estava se despedindo da família Charbonneau, Clark ofereceu-se para criar a criança como seu próprio filho. No entanto, como Jean Baptiste ainda não estava desmamado, foi decidido que os pais dos rapazes o trariam para Clark numa data posterior. Em uma carta para Touissant Charbonneau, então dispensado do Corpo, Clark escreveu:
Como ao seu filho pequeno (meu filho Pomp) você conhece bem meu carinho por ele e minha ansiedade em tomá-lo e criá-lo como meu próprio filho. Eu te digo mais uma vez, se trouxeres o teu filho Baptiest para mim, educá-lo-ei e tratá-lo-ei como meu próprio filho, não me esqueço da promessa que te fiz e agora vou repeti-la para que tenhas a certeza – Carbono, se quiseres viver com os brancos, e virás até mim, dar-te-ei um pedaço de terra e equipar-te-ei com cavalos, vacas, & porcos….Desejando-te a ti e à tua família um grande sucesso & com expectativas ansiosas de ver o meu pequeno rapaz dançarino Baptiest, eu continuarei teu amigo.
Em 1809, Touissant Charbonneau e Sacagawea viajaram pelo Missouri até St. Louis com Jean Baptiste. Toussaint, junto com todas as expedições alistadas, cada uma recebeu mandados de terra no valor de 320 acres. Isto, mais o vale de 533,33 dólares, o seu pagamento pelos seus serviços de intérprete (Sacagawea não recebeu nada), foi de facto uma fortuna para um homem de recursos económicos tão limitados. Toussaint não tinha temperamento para cultivar o solo, no entanto, e em 26 de março de 1811, ele transferiu seu título de terra para Clark por $100,00. Em abril, ele e Sacagawea embarcaram numa barcaça da Companhia de Peles do Missouri com destino ao Alto Missouri, deixando Baptiste a cargo de Clarks para que o menino pudesse começar sua educação.
Upon completando sua escolaridade em St. Louis, Baptiste voltou à vida fronteiriça. Em 1823, aos 18 anos, enquanto vivia numa aldeia de comerciantes na foz do rio Kansas, ele conheceu o Príncipe Paul Wilhelm de Wuertemberg, Alemanha, que estava numa missão científica na América. Baptistes combinação incomum de habilidades de fronteira e realização cultural intrigou o príncipe, que o levou sob o seu patrocínio. O jovem acompanhou Paul à Europa, onde foi exposto ao ambiente sofisticado e aristocrático de uma corte alemã. Baptiste gozou o estilo de vida real durante seis anos, tornando-se fluente em quatro línguas, e ganhando um passado que mais tarde o marcaria como uma anomalia cultural na fronteira ocidental.
Retornando à América em 1829, ele pôs de lado os seus modos cultivados e caiu na existência rude e tumultuosa do homem da montanha. Ele variou o comprimento e a largura do oeste americano, caçando armadilhas, guiando e explorando. Em 1846-1847, ele percorreu o caminho do Novo México até a Califórnia para o Batalhão Mórmon no oeste. Dispensado em 1847, foi nomeado Alcalde da Missão San Luis Rey, um cargo comparável ao de um magistrado.
Perturbado pelo abuso de proprietários de terras contra certos índios (que eram tratados como escravos virtuais), ele renunciou aos seus deveres oficiais e entrou na frenética debandada da corrida do ouro na Califórnia. Ele evidentemente não ficou rico, pois foi registrado como funcionário de hotel em Auburn, Califórnia, em 1861. Em 1866, ele deixou Auburn com dois companheiros e foi em direção a novas descobertas de ouro em Montana. Enroute, Jean Baptiste, aos 61 anos de idade, morreu de pneumonia e foi enterrado num remoto e primitivo cemitério na pequena aldeia do Vale do Jordão, em Danner, Oregon. Em 14 de março de 1973, seu túmulo foi inscrito no Registro Nacional de Lugares Históricos.