O discurso dialético do ‘gene’ como unidade de hereditariedade deduzida do fenótipo, seja uma variável interventiva ou uma construção hipotética, parece ter sido estabelecido com a apresentação do modelo molecular do DNA: o gene foi reduzido a uma sequência de DNA que é transcrita em RNA que é traduzida em um polipeptídeo; os polipeptídeos podem se dobrar em proteínas que estão envolvidas no metabolismo e estrutura celular e, portanto, funcionam. Este caminho revelou-se mais desconcertante quanto mais a regulação de produtos e funções foi descoberta nos contextos de sistemas celulares integrados. Filósofos lutando para definir um conceito unificado do gene como a entidade básica da genética (molecular) confrontaram aqueles que sugeriram vários “genes” diferentes de acordo com os quadros conceituais dos experimentalistas. Os pesquisadores cada vez mais consideravam os genes de facto como termos genéricos para descrever os seus dados empíricos, e com capacidades melhoradas de sequenciamento de ADN estas entidades eram, em regra, sequências nucleotídicas de baixo para cima que determinam funções. Apenas recentemente os empiristas voltaram a discutir considerações conceituais, incluindo definições top-down de unidades de função que, através de mecanismos celulares, selecionam as seqüências de DNA que compreendem ‘genomic-footprints’ de entidades funcionais.