As últimas décadas testemunharam o crescimento sem precedentes na aplicação de probióticos para promover a saúde intestinal em geral, bem como o seu início como bioterapêutica para aliviar certos distúrbios clínicos relacionados com a disbiose. Embora numerosos estudos tenham substanciado os potenciais de restauração da saúde para um grupo restrito de espécies microbianas, a extrapolação comercializada de um rótulo probiótico similar a um grande número de formulações microbianas parcialmente caracterizadas parece enviesada. Em particular, os indivíduos em estágios neonatais e/ou aqueles com algumas condições clínicas, incluindo neoplasias malignas, vazamento intestinal, diabetes mellitus, e convalescença pós-transplante de órgãos, provavelmente não conseguem colher os benefícios dos probióticos. Exagerando ainda mais as condições, algumas cepas probióticas podem tirar proveito da fraca imunidade nesses grupos vulneráveis e se transformar em patógenos oportunistas que geram pneumonia, endocardite e sepse com risco de vida. Além disso, o uso desregulado e desenfreado de probióticos pode acarretar o risco de transferência da resistência aos antibióticos mediados por plasmídeos para os patógenos infecciosos intestinais. Nesta revisão, discutimos as perspectivas de segurança dos probióticos e suas intervenções terapêuticas em determinados grupos populacionais de risco. Os argumentos e hipóteses encarnados certamente esclarecerão o fato de que o uso de probióticos deve ser tratado com cautela.