O site do Sínodo Missouri identifica três áreas principais de diferença entre o Sínodo da Igreja Luterana do Missouri (LCMS) e a Igreja Evangélica Luterana na América (ELCA):

1. A doutrina e autoridade das Escrituras – O LCMS acredita que a Bíblia é sem erros em tudo o que diz. A ELCA evita fazer tais declarações, sustentando que a Escritura nem sempre é necessariamente precisa em assuntos como história e ciência. As diferenças entre o LCMS e o ELCA sobre a autoridade das Escrituras também ajudam a explicar porque o LCMS não ordena mulheres (baseado em 1 Coríntios 14:33-36, 1 Timóteo 2:11-14), vê o comportamento homossexual como contrário à vontade de Deus (Romanos 1:18-28, 1 Coríntios 6:9), e não permite a ordenação de homossexuais praticantes.

3.O nível de concordância necessário para se unir em um corpo da igreja – Enquanto o LCMS acredita que a Bíblia requer concordância em tudo o que a Bíblia ensina, o ELCA sustenta que a discordância em alguns assuntos de doutrina, tais como o modo da presença de Cristo na Sagrada Comunhão, não proíbe a comunhão na igreja.

E com relação ao Sínodo Evangélico Luterano de Wisconsin (WELS), o Sínodo de Missouri identifica essas diferenças a partir de sua perspectiva:

1. O entendimento bíblico de comunhão – O WELS tem o que chama de “conceito de unidade” de comunhão, que abrange toda expressão conjunta, manifestação e demonstração de uma fé comum. O LCMS vê a comunhão da igreja como possível em diferentes níveis, por exemplo, a comunhão de oração (que não requer pleno acordo doutrinário) é possível mesmo quando a comunhão de altar e púlpito (que requer pleno acordo doutrinário) pode não ser possível.