Tenho uma experiência limitada, já que estou apenas na minha segunda etapa, mas até agora tenho observado –

Se você se juntar aos Minutemen você vai acabar se aliando à Ferrovia e vai acabar destruindo a Irmandade do Aço e o Instituto.

Além disso, se tiverdes progredido nas missões Minutemen (até e inclusive retomando o castelo), então, durante a missão onde o Instituto tenta “convidar” Wallace a juntar-se à sua equipa de Biociências, serão os Minutemen a responder ao pedido de socorro de Wallace (dando-vos assim a oportunidade de os dissuadir). Se você não se juntou aos Minutemen, os Gunners aparecerão para responder ao pedido de ajuda do Wallace. Progredir na história dos Minutemen também resultará em numerosos grupos de Minutemen errantes patrulhando as terras desertas, para além de desbloquear a artilharia.

Se você se juntar à Irmandade do Aço, declarará guerra contra o Instituto e a Estrada de Ferro enquanto estiver aliado com os Minutemen.

Se você se juntar à Estrada de Ferro, será aliado dos Minutemen e destruirá a Irmandade do Aço e o Instituto.

Se vocês se unirem ao Instituto serão aliados dos Minutemen e destruirão a Estrada de Ferro e a Irmandade do Aço.

Depois de completar a história aliada ao Instituto, grupos de sintetizadores começam a aparecer por toda a comunidade anunciando que o Instituto está agora no comando – eles também criarão uma variedade de pontos de controle e perambularão pelas terras devastadas matando mutantes e invasores. Os vários companheiros que eu usei durante a minha brincadeira não se importaram que eu tivesse tomado o partido do Instituto, entretanto eu espero que Deacon e Danse possam (já que você destruiu suas facções).

Independentemente da escolha que você fizer,

“Pai” morrerá, entretanto a cena de corte será diferente se você não for aliado do Instituto. Se você atacar o Instituto, você perderá isso como um local de viagem rápida. Qualquer facção que você eliminar não estará disponível para missões após a cutscene final.