Em 1592 a perseguição foi renovada, e vários japoneses convertidos receberam a coroa do martírio. O imperador Tagcosama, um dos mais orgulhosos e ferozes dos homens, foi enfurecido e ciumento por uma suspeita sugerida por certos mercadores europeus desejosos do monopólio deste comércio, de que a visão dos missionários na pregação da fé cristã era facilitar a conquista do seu país pelos portugueses ou espanhóis.

Três jesuítas e seis franciscanos foram crucificados numa colina perto de Nangasaqui em 1597. Estes últimos eram em parte espanhóis e em parte índios, e tinham à cabeça F. Pedro Baptista, comissário da sua ordem, um nativo de Ávila, em Espanha. Quanto aos jesuítas, um era Paul Miki, um nobre japonês, e um eminente pregador, na época com trinta e três anos de idade. Os outros dois, John Gotto e James Kisai, foram admitidos na Companhia na prisão um pouco antes de sofrerem. Vários japoneses convertidos sofreram com eles. Os mártires eram vinte e seis, e entre eles havia três rapazes que serviam os frades na missa; dois deles tinham quinze anos de idade e o terceiro apenas doze, mas cada um demonstrava grande alegria e constância em seus sofrimentos. Destes mártires, vinte e quatro tinham sido levados para Meaco, onde apenas uma parte das suas orelhas esquerdas foi cortada, por uma atenuação da sentença, que tinha ordenado a amputação dos seus narizes e de ambas as orelhas. Eram conduzidos por muitas cidades e lugares públicos, suas bochechas manchadas de sangue, por um terror para os outros. Quando os vinte e seis soldados de Cristo chegaram ao lugar de execução perto de Nangasaqui, foi-lhes permitido fazer sua confissão a dois jesuítas do convento daquela cidade, e sendo presos a cruzes por cordas e correntes em torno de seu braço. e pernas, e um colar de ferro em torno de seu pescoço, foram levantados no ar, caindo o pé de cada cruz em um buraco preparado para isso no chão. As cruzes eram plantadas em fila, cerca de um metro e meio de distância, e cada mártir tinha um carrasco perto dele com uma lança pronta para perfurar o seu lado; pois esta é a maneira japonesa de crucificação. Assim que todas as cruzes foram plantadas, os verdugos levantaram as lanças e, ao sinal dado, todos trespassaram os mártires quase no mesmo instante; sobre o qual expiraram, e foram receber a recompensa de seus sofrimentos. Seu sangue e suas vestes foram supridos por cristãos, e milagres foram feitos por eles. Urban VIII classificou-os entre os mártires, e eles são honrados no dia 5 de fevereiro, o dia do seu triunfo.