A koffeintartalmú italok fogyasztása néhány, de nem a legtöbb megfigyeléses vizsgálatban összefüggésbe hozható a csonttömeg csökkenésével és a csonttörés kockázatának növekedésével. Humán fiziológiai vizsgálatok és kontrollált egyensúlyi vizsgálatok egyértelmű, de csak nagyon kis mértékben csökkentő hatást mutatnak magának a koffeinnek a bélrendszeri kalciumfelszívódásra, és nincs hatása a teljes 24 órás vizeletkalcium-kiválasztásra. A negatív hatást mutató epidemiológiai vizsgálatok részben a tej és a koffeintartalmú italok fogyasztása közötti fordított kapcsolattal magyarázhatók. Az alacsony kalciumbevitel egyértelműen összefügg a csontváz törékenységével, és valószínű, hogy a magas koffeinbevitel gyakran az alacsony kalciumbevitel markere. A koffein kalciumfelszívódásra gyakorolt negatív hatása elég kicsi ahhoz, hogy már 1-2 evőkanál tej is teljesen ellensúlyozza. A koffeintartalmú italokat a csontritkulás kockázati tényezőjeként feltüntető valamennyi megfigyelés az optimálisnál lényegesen kevesebb kalciumbevitelt fogyasztó populációkban történt. Nincs bizonyíték arra, hogy a koffein bármilyen káros hatással lenne a csontok állapotára vagy a kalciumgazdaságra azoknál az egyéneknél, akik a jelenleg ajánlott napi kalciumadagot fogyasztják.