Dialektický diskurz o „genu“ jako jednotce dědičnosti odvozené od fenotypu, ať už se jedná o intervenující proměnnou nebo hypotetický konstrukt, se zdál být vyřešen předložením molekulárního modelu DNA: gen byl redukován na sekvenci DNA, která je přepisována do RNA, jež je překládána do polypeptidu; polypeptidy se mohou skládat do proteinů, které se podílejí na buněčném metabolismu a struktuře, a tedy i funkci. Tato cesta se ukázala být tím zmatenější, čím více byla odhalována regulace produktů a funkcí v kontextech integrovaných buněčných systémů. Filozofové, kteří se snažili definovat jednotný pojem genu jako základní entity (molekulární) genetiky, se střetli s těmi, kteří navrhovali několik různých „genů“ podle pojmových rámců experimentátorů. Vědci stále více považovali geny de facto za obecné pojmy pro popis svých empirických dat a se zdokonalenými možnostmi sekvenování DNA byly tyto entity zpravidla nukleotidovými sekvencemi zdola nahoru, které určují funkce. Teprve nedávno se empirici vrátili k diskusi o koncepčních úvahách, včetně definic funkčních jednotek shora dolů, které prostřednictvím buněčných mechanismů vybírají sekvence DNA, jež tvoří „genomové stopy“ funkčních entit.