Rostliny potřebují kořeny, a přestože některé rostliny přijímají vodu a živiny ze vzduchu nebo z hostitelských rostlin, většina z nich má kořeny pevně zapuštěné v půdě a my se zde podíváme, jaké jsou jejich funkce. Zaprvé kořeny (doufejme) pevně ukotvují rostlinu v půdě proti bičování větrem a procházejícími živočichy. Za druhé, rostliny svými kořeny přijímají živiny z půdy, kompostu nebo jiného pěstebního substrátu. Základní proces je stejný bez ohledu na velikost rostliny od vysokohorských rostlin objímajících půdu až po obrovské lesní stromy: jsou to chloupky na drobných koříncích na koncích kořenového systému, které absorbují vodu z půdy; obrovské silné kořeny, které vidíte u stromů a keřů, slouží k pevnému ukotvení rostliny v půdě, rozprostření funkčních kořenů na velkou plochu, aby dosáhly na většinu vody, a transportují absorbovanou vodu a živiny do pracovních částí rostliny nad zemí, jako jsou listy pro fotosyntézu. Rostliny přijímají živiny pouze rozpuštěné ve vodě, takže i ty se do nich dostávají prostřednictvím kořenových vlásků. Navzdory obecnému přesvědčení kořeny nerostou směrem k vodě – na dálku ji nedokážou rozpoznat -, ale rostou směrem dolů, protože rozpoznávají těžiště, což je vlastnost zvaná geotropismus, a rozvětvují se, dokud se nedostanou do kontaktu s vodou v půdě.

Je tedy celkem zřejmé, že kořeny rostlin potřebují vodu v půdě; co možná není tak zřejmé, je, že potřebují také stálý přísun kyslíku ze vzduchu v prostorách mezi půdními částicemi. Kyslík je rozhodující pro „dýchání“ všech rostlinných buněk, aby mohly uvolňovat energii jak pro své procesy, tak pro růst. Bez kyslíku kořeny krátkou dobu dýchají bez kyslíku (anaerobně), ale vzniká tak méně energie a toxické vedlejší produkty, které začnou buňky ničit. Proto je dlouhodobé zamokření takovým problémem pro rostliny, které nejsou přizpůsobeny růstu v bažinách nebo rybnících. Jakmile drobné kořenové vlásky odumřou, je třeba je po vyschnutí půdy nahradit, čímž se spotřebuje cenná nashromážděná energie, a teprve poté může zbytek rostliny začít růst.

Jedinou dobrou zprávou je, že spící rostliny v zimě potřebují mnohem méně energie, a tak zpravidla přežijí zaplavení déle než aktivně rostoucí rostliny na jaře a v létě. Pokud máte v části zahrady pravidelný problém se zaplavováním nebo zamokřením, zvažte zlepšení struktury půdy, abyste zvýšili přirozený odtok vody, nebo dokonce instalaci půdních drenáží, které odvedou přebytečnou vodu. Případně můžete své přírodní bohatství využít k vytvoření bažinaté zahrady.