Do vypuknutí druhé světové války Challenger zkoumal vody kolem Spojeného království, Labradoru, Západní a Východní Indie. Dne 23. září 1932 narazila na skálu 6 námořních mil (11 km) severně od přístavu Ford’s Harbour v Labradoru v dominiu Newfoundland (56°28′30″ s. š. 61°10′00″ z. d. / 56.47500° s. š. 61.16667° z. d.) a byla vyvržena na břeh. Později byla znovu vytažena na vodu.

V letech 1939 až 1942 sloužila v domácích vodách a jako doprovod konvojů. V červnu a červenci 1941 spolu se třemi korvetami třídy Flower doprovázela vojenskou loď Anselm z Británie na cestě do Freetownu v Sierra Leone. Když byla vojenská loď torpédována severně od Azorských ostrovů, Challenger a korveta HMS Starwort zachránily stovky přeživších a poté je převezly na ozbrojený obchodní křižník HMS Cathay.

V letech 1942 až 1946 Challenger prováděl průzkum v Indickém oceánu a západním Pacifiku. V roce 1946 se vrátila do Chathamu na přestavbu a koncem roku 1946 se vrátila do Perského zálivu. V roce 1947 opustila Záliv a vydala se na Kypr, kde pobřežní skupina zaznamenávala přílivy a odlivy. Poté pokračovala do Gibraltaru k další obnově v suchém doku.

V prosinci 1947 byli muži z Challengeru a ze dvou torpédoborců Cockade a Contest vysazeni v Adenu ve snaze obnovit pořádek po protižidovských nepokojích.

V letech 1950-1953 obeplouvala svět, což zahrnovalo i průzkum v Západní Indii a na Dálném východě. Právě na této misi v roce 1951 Challenger prozkoumal Mariánský příkop poblíž Guamu, včetně nejhlubšího známého místa v oceánech, jehož maximální hloubka činí 11 033 metrů (36 198 stop) a nachází se poblíž 11°21′ s. š. 142°12′ v. d. / 11,350° s. š. 142,200° v. d.. Tento bod byl pojmenován Challenger Deep podle toho, že byl poprvé prozkoumán v roce 1875 během expedice předchozí lodi HMS Challenger. V lednu 1954 se Challenger vrátil do Británie, byl vyplaven a rozbit v Doveru.