Mám omezené zkušenosti, protože jsem teprve ve druhém hraní, nicméně zatím jsem vypozoroval –

Přidáte-li se k Minutemanům, skončíte jako spojenec Železnice a nakonec zničíte Bratrstvo oceli a Institut.

Navíc, pokud jste prošli misemi Minutemanů (až po znovudobytí hradu), pak během mise, kde se Institut pokouší „pozvat“ Wallace do svého týmu Biosciences, to budou Minutemani, kteří odpoví na Wallaceovo nouzové volání (čímž vám dají možnost jim to rozmluvit). Pokud jste se k Minutemanům nepřipojili, objeví se Gunneři, kteří odpoví na Wallaceovo volání o pomoc. Při postupu příběhem Minutemanů se kromě odemčení dělostřelectva objeví také četné skupiny potulných Minutemanů hlídkujících v pustinách.

Přidáte-li se k Ocelovému bratrstvu, vyhlásíte válku Institutu a železnici a zároveň budete spojenci Minutemanů.

Přidáš-li se k Železnici, budeš spojencem Minutemanů a zničíš Bratrstvo oceli a Institut.

Připojíš-li se k Institutu, budeš spojencem Minutemanů a zničíš Železnici a Bratrstvo oceli.

Po dokončení příběhové linie ve spojenectví s Institutem se začnou po celém Společenství objevovat skupiny synthů, kteří budou oznamovat, že nyní vládne Institut – budou také zřizovat různé kontrolní body a potulovat se pustinou a zabíjet mutanty a nájezdníky. Různým společníkům, které jsem během hraní používal, nevadilo, že jsem se postavil na stranu Institutu, nicméně očekávám, že Deacon a Danse by mohli (protože jste zničili jejich frakce).

Nezávisle na tom, jakou volbu učiníte,

„Otec“ zemře, nicméně cutscéna bude jiná, pokud nejste spojenci Institutu. Pokud zaútočíte na Institut, přijdete o něj jako o lokaci pro rychlé cestování. Frakce, které zlikvidujete, nebudou po závěrečné cutscéně k dispozici pro plnění misí.