Na webových stránkách Missourského synodu jsou uvedeny tři hlavní oblasti rozdílů mezi Luterskou církví Missourského synodu (LCMS) a Evangelickou luterskou církví v Americe (ELCA):

1. Učení a autorita Písma – LCMS věří, že Bible je bezchybná ve všem, co říká. ELCA se takovým prohlášením vyhýbá a zastává názor, že Písmo nemusí být vždy přesné v takových otázkách, jako je historie a věda. Rozdíly mezi LCMS a ELCA v otázce autority Písma také pomáhají vysvětlit, proč LCMS nesvěcuje ženy (na základě 1 Kor 14,33-36, 1 Tim 2,11-14), považuje homosexuální chování za odporující Boží vůli (Římanům 1,18-28, 1 Kor 6,9) a nedovoluje svěcení praktikujících homosexuálů.

2. Závazek k luterským konfesním spisům – ELCA sice potvrzuje svůj závazek k evangeliu Ježíše Krista, jak o něm svědčí luterské konfese, ale zároveň má tendenci zdůrazňovat historický charakter těchto spisů a zachovávat možnost nesouhlasu s konfesními postoji, které se netýkají přímo samotného evangelia chápaného v úzkém smyslu. Na druhou stranu jsou všichni pastoři LCMS povinni potvrdit, že luterské konfese jsou správným výkladem učení Písma.

3. Míra shody nutná pro spojení v jednom církevním těle – Zatímco LCMS věří, že Bible vyžaduje shodu ve všem, čemu Bible učí, ELCA zastává názor, že neshoda v některých otázkách učení, jako je způsob Kristovy přítomnosti ve svatém přijímání, nebrání církevnímu společenství.

A pokud jde o Wisconsinskou evangelicko-luterskou synodu (WELS), Missourský synod ze svého pohledu identifikuje tyto rozdíly:

1. Biblické chápání společenství – WELS má tzv. jednotný koncept společenství, který zahrnuje každé společné vyjádření, projev a demonstraci společné víry. LCMS chápe církevní společenství jako možné na různých úrovních, např. modlitební společenství (které nevyžaduje úplnou doktrinální shodu) je možné i tehdy, když společenství u oltáře a kazatelny (které vyžaduje úplnou doktrinální shodu) nemusí být možné.

2. Učení o službě – Pro LCMS je úřad veřejné služby (pastýřský úřad) podle Písma jediným božsky
ustanoveným úřadem v církvi, zatímco církev má svobodu vytvářet čas od času lidskými institucemi další úřady, které mají pomáhat při plnění funkcí pastýřské služby. „Teze o církvi a službě“ WELS však výslovně popírají, že pastýřská služba je výslovně ustanovena Pánem na rozdíl od jiných forem veřejné služby.

3. Úloha žen v církvi – Zatímco LCMS i WELS se z biblických důvodů důrazně staví proti svěcení žen do pastýřského úřadu, LCMS dospěla k závěru, že Písmo volbu žen v církvi nezakazuje. WELS se staví proti volebnímu právu žen v církvi, protože odporuje Písmu.

.