Jean Baptiste Charbonneau se narodil 11. února 1805 v pevnosti Mandan a byl synem francouzského kanadského tlumočníka Touissanta Charbonneaua a jeho šošonské manželky Sacagawey.
Lewis a Clark dorazili na území Hidatsů a Mandanů v říjnu 1804 a najali staršího Charbonneaua a Sacagawey jako tlumočnický tým. Kapitáni se dozvěděli, že Šošoni mají velké stádo koní. Toužili po tom, aby je Sacagawea, která mluvila šošonsky, doprovázela při vyjednávání o koních potřebných k přechodu západních hor, přestože byla v té době v šestém měsíci těhotenství.
Když výprava přezimovala v pevnosti Mandan, Lewis 11. února 1805 zaznamenal narození Jeana Baptista takto: „Porodil jsem ho: Kolem páté hodiny večerní se jedné z Charbonneauových žen narodil krásný chlapec. Stojí za zmínku, že to bylo první dítě, které tato žena porodila, a jak je v takových případech běžné, její porod byl zdlouhavý a bolesti silné. Lewis se spoléhal na to, že bude působit jako tlumočnice u Šošonů, a měl obavy o její bezpečný porod. Ve snaze pomoci jí porodit dítě se radil s ostatními a pak jí podal malou směs vody a rozdrcených kroužků chřestýše, aby jí pomohl porod vyvolat. Ačkoli byl Lewis k této léčbě skeptický, jeho deník uvádí, že krátce po požití chřestýšího lektvaru porodila:
Nejnovější člen 33členné výpravy Jean Baptiste byl zdravý a aktivní chlapec, velmi oblíbený u Clarka, který mu přezdíval Pomp a Pompy pro jeho nafoukané taneční výstupy. Dne 7. dubna 1805 se 55denní Jean Baptiste, který jel na piroze (říčním člunu) se svou matkou, připojil k výpravě, když sbor opustil pevnost Mandan, aby pokračoval v cestě ke Skalistým horám a lidu Sacagaweas.
Baptiste, náchylný k dětským nemocem, prodělal na jaře 1806 během zpáteční cesty vážnou nemoc. Zatímco se sbor zdržel kvůli hlubokému sněhu, který pokryl stezku Lolo Trail přes pohoří Bitterroot, dostal chlapec vysokou horečku a měl oteklý krk a hrdlo, což svědčilo snad o příušnicích nebo angíně (a možná i o prořezávání zubů). Kapitáni mu na krk přikládali obklady z divoké cibule a náplast sarve (mast) z rozenu z borovice dlouholisté, smíchaného vosku Beaswax a medvědího oleje, což vedlo k jeho uzdravení během dvou a půl týdne.
Clark v čele malého oddílu, v němž byla i rodina Charbonneauových, prozkoumal během zpáteční cesty řeku Yellowstone. Dne 25. července 1806 narazili na jižním břehu řeky na neobvyklý, volně stojící pískovcový útvar, který kapitán Clark pojmenoval Pompys Tower podle rok a půl starého Jeana Baptisty. Dnes se mu říká Pompeys Pillar a Clark do něj pod chráněným přírodním převisem vyryl své jméno a datum 25. července, kdy se narodil. Clarkova rytina, nyní uchovávaná pod nerozbitným skleněným štítem, je považována za jediný trvalý fyzický důkaz, který sbor během cesty v krajině zanechal. Kromě sloupu Clark na chlapcovu počest pojmenoval nedaleký potok Baptiests Creek.
Mladík zasáhl Clarkovo srdce neodolatelnou náklonností. Když 17. srpna dorazil sbor zpět do vesnic Hidatsů a Mandanů a loučil se s rodinou Charbonneauových, Clark se nabídl, že bude dítě vychovávat jako vlastního syna. Protože však Jean Baptiste ještě nebyl odstaven, bylo rozhodnuto, že ho chlapcovi rodiče přivedou ke Clarkovi později. V dopise Touissantu Charbonneauovi, který byl v té době propuštěn ze sboru, Clark napsal:
Co se týče Vašeho malého syna (mého chlapce Pompa), dobře víte, že ho mám rád a toužím si ho vzít a vychovat jako vlastní dítě. Znovu ti říkám, že pokud ke mně přivedeš svého syna Baptista, vychovám ho a budu s ním zacházet jako s vlastním dítětem – nezapomínám na sliby, které jsem ti dal, a nyní je zopakuji, abys měl jistotu – Charbono, pokud chceš žít s bílými lidmi a přijdeš ke mně, dám ti kus půdy a vybavím tě koňmi, kravami, & vepři…. Přeji tobě a tvé rodině mnoho štěstí & s úzkostným očekáváním, že uvidím svého malého tančícího chlapce Baptista, zůstanu tvým přítelem.
V roce 1809 cestovali Touissant Charbonneau a Sacagawea s Jeanem Baptistem po řece Missouri do Saint Louis. Toussaint spolu se všemi naverbovanými muži výpravy obdržel každý z nich pozemkový příkaz v hodnotě 320 akrů. To spolu s poukázkou na 533,33 dolaru, což byla jeho odměna za tlumočnické služby (Sacagawea nedostala nic), bylo pro muže s tak omezenými ekonomickými zdroji vskutku bohatství. Toussaint však nebyl povahy, která by obdělávala půdu, a 26. března 1811 převedl svůj nárok na půdu na Clarka za 100,00 dolarů. V dubnu se spolu se Sacagawey nalodil na bárku Missourské kožešinové společnosti směřující do horního toku Missouri a Baptista nechal na Clarkově starost, aby chlapec mohl začít se vzděláváním.
Po dokončení školní docházky v St. V roce 1823, když mu bylo 18 let, se při pobytu v obchodnické vesnici v ústí řeky Kansas seznámil s německým princem Paulem Wilhelmem z Wuertembergu, který byl na vědecké misi v Americe. Baptistesova neobvyklá kombinace hraničářských schopností a kulturního vzdělání knížete zaujala a vzal ho pod svou ochranu. Mladík doprovázel Paula do Evropy, kde se seznámil s kultivovaným aristokratickým prostředím německého dvora. Baptiste si šest let užíval královského životního stylu, plynně ovládal čtyři jazyky a získal zázemí, které ho později poznamenalo jako kulturní anomálii na západní hranici.
Po návratu do Ameriky v roce 1829 odložil své kultivované způsoby a propadl drsnému životu horala. Procestoval celý americký Západ, lovil, chytal do pastí, dělal průvodce a objevoval. V letech 1846-1847 prozkoumával pro mormonský prapor cestu z Nového Mexika na západ do Kalifornie. V roce 1847 byl propuštěn a jmenován alcaldem misie San Luis Rey, což byl úřad srovnatelný s úřadem soudce.
Podrážděn špatným zacházením majitelů pozemků s některými indiány (s nimiž se zacházelo jako s faktickými otroky), rezignoval na své úřední povinnosti a vstoupil do zběsilého tahu kalifornské zlaté horečky. Zřejmě nezbohatl, protože v roce 1861 byl zaznamenán jako hotelový úředník v Auburnu v Kalifornii. V roce 1866 opustil Auburn se dvěma společníky a zamířil k novým zlatým objevům v Montaně. Cestou Jean Baptiste ve věku 61 let zemřel na zápal plic a byl pohřben na odlehlém primitivním hřbitově v malé vesničce Danner v Jordan Valley ve státě Oregon. Dne 14. března 1973 bylo jeho hrobové místo zapsáno do Národního registru historických míst.