V roce 1592 bylo pronásledování obnoveno a několik japonských konvertitů obdrželo mučednickou korunu. Císaře Tagcosamu, jednoho z nejpyšnějších a nejzlomyslnějších lidí, popudilo k zuřivosti a žárlivosti podezření, které mu vnukli někteří evropští obchodníci toužící po monopolu na tento obchod, že cílem misionářů při hlásání křesťanské víry je usnadnit dobytí jejich země Portugalci nebo Španěly.

V roce 1597 byli na kopci poblíž Nangasaqui ukřižováni tři jezuité a šest františkánů. Ti byli zčásti Španělé a zčásti Indiáni a v jejich čele stál F. Petr Baptista, komisař svého řádu, rodák ze španělské Avily. Pokud jde o jezuity, jedním z nich byl Paul Miki, urozený Japonec a vynikající kazatel, kterému v té době bylo třiatřicet let. Další dva, Jan Gotto a Jakub Kisai, byli přijati do Společnosti ve vězení krátce předtím, než trpěli. Spolu s nimi trpělo několik japonských konvertitů. Mučedníků bylo šestadvacet a byli mezi nimi tři chlapci, kteří sloužili bratřím při mši; dvěma z nich bylo patnáct let a třetímu pouhých dvanáct, přesto každý z nich projevoval ve svém utrpení velkou radost a stálost. Z těchto mučedníků bylo čtyřiadvacet přivezeno do Meaca, kde jim byla uříznuta pouze část levého ucha, a to na základě zmírnění rozsudku, který nařizoval amputaci nosu a obou uší. Byli vedeni po mnoha městech a veřejných místech s tvářemi potřísněnými krví, aby naháněli ostatním hrůzu. Když šestadvacet Kristových vojáků dorazilo na popraviště poblíž Nangasaqui, bylo jim dovoleno vyzpovídat se dvěma jezuitům z kláštera v tomto městě, a když byli připoutáni ke křížům provazy a řetězy kolem rukou a nohou a železným obojkem kolem krku, byli vyzdviženi do vzduchu, přičemž noha každého kříže spadla do díry připravené pro něj v zemi. Kříže byly zasazeny v řadě, asi čtyři stopy od sebe, a každý mučedník měl u sebe kata s kopím připraveným probodnout mu bok; takový je totiž japonský způsob ukřižování. Jakmile byly všechny kříže postaveny, kati pozvedli svá kopí a na pokyn mučedníky téměř ve stejný okamžik probodli; ti pak zemřeli a šli si pro odměnu za své utrpení. Jejich krev a oděvy obstarali křesťané a díky nim se děly zázraky. Urban VIII. je zařadil mezi mučedníky a jsou uctíváni 5. února, v den svého triumfu.

.