Konzumace nápojů obsahujících kofein byla v některých, ale ne ve většině pozorovacích studií spojena se snížením kostní hmoty a zvýšením rizika zlomenin. Fyziologické studie na lidech a kontrolované bilanční studie ukazují jasný, ale jen velmi malý tlumivý účinek samotného kofeinu na střevní absorpci vápníku a žádný vliv na celkové 24hodinové vylučování vápníku močí. Epidemiologické studie, které ukazují negativní účinek, lze částečně vysvětlit inverzním vztahem mezi konzumací mléka a nápojů obsahujících kofein. Nízký příjem vápníku je jasně spojen s křehkostí skeletu a je pravděpodobné, že vysoký příjem kofeinu je často markerem nízkého příjmu vápníku. Negativní vliv kofeinu na vstřebávání vápníku je dostatečně malý na to, aby byl plně kompenzován již 1-2 polévkovými lžícemi mléka. Všechna pozorování, která poukazují na to, že nápoje obsahující kofein jsou rizikovým faktorem osteoporózy, byla provedena u populací, které konzumují podstatně méně vápníku, než je optimální příjem. Neexistují žádné důkazy o tom, že by kofein měl škodlivý vliv na stav kostí nebo na hospodaření s vápníkem u osob, které přijímají v současnosti doporučené denní dávky vápníku.

.