A Drosophila simulans és a szigeti származéka, a Drosophila mauritiana közötti keresztezések utódaiban a nőstény hibridek termékenyek, de a hím hibridek sterilek. A közelmúltban végzett vizsgálatok kimutatták, hogy a Drosophila nemi meghatározás szempontjából kritikus génje, az úgynevezett szex-letális gén a D. melanogaster és a D. simulans hibridekben erősen félre van szabályozva, összehasonlítva a vizsgált nem nemi gének félreszabályozottságának mértékével. A szex-letális gén gyakran abnormálisan expresszálódik a D. melanogaster anyákból származó hím hibridekben a hím-specifikus komplexnek az X-kromoszómára történő újbóli lokalizációja következtében, ami hozzájárul a hím sterilitáshoz. A spermiumok elrendeződésében csak nagyon kevés egyednél találtak rendellenességet a lárvális stádiumban, ami azt jelenti, hogy a spermatogenezis zavarai valószínűleg az élet későbbi szakaszaiban következnek be.

A D. pseudoananassae és a D. bipectinata, a D. pseudoananassae és a D. parabipectinata, valamint a D. pseudoananassae és a D. malerkotliana közötti keresztezésekkel végzett kísérletek tovább mutatták, hogy az Y kromoszóma szerepet játszik a hibrid hímsterilitásban. Az Y-kromoszóma lehetséges kölcsönhatásai az X-Y, Y-autoszóma és Y-citoplazma. A steril hímek az Y-kromoszómához egy konzpecifikus autoszómakészletet hordoznak, ami az Y-domináns autoszóma kölcsönhatások miatt termékenységet eredményez. Ezért az Y-autoszóma kölcsönhatások kizárhatók a hibridsterilitás e típusában.

Mivel a citoplazma faktorok kompatibilisek lehetnek e fajok között, az ilyen tényezőket is elvetik a sterilitás okaként.

A Drosophila paulistorumban azonban vannak olyan információk, amelyek arra utalnak, hogy ha az Y-kromoszóma és a citoplazma különböző szülőktől származik, a hím általában steril. Az X-Y kölcsönhatás a legvalószínűbb oka a hím hibridek sterilitásának. Kimutatták, hogy a több genetikai kompatibilitással rendelkező kereszteződő szervezeteknél kisebb a spermatogenezis zavara és normális méretűek a herék, míg a genetikailag kevésbé kompatibilis fajoknál nagyobb a spermatogenezis zavara és általában elsorvadtak a herék.

A sterilitás másik lehetséges oka olyan fajok között, amelyeknél az egyik vagy a másik nemi kromoszóma jelenléte vagy hiánya határozza meg a nemet, az, ha az egyik faj egyik nemi kromoszómájának recesszív alléljai kölcsönhatásba lépnek a párosító faj autoszomális alléljaival. Ez azt okozhatja, hogy a hibridben a heterogámiás nemi kromoszóma életképtelen vagy steril, de a homogámiás nemi kromoszóma termékeny lesz. Következésképpen azokban a fajokban, ahol az Y kromoszóma jelenléte vagy hiánya határozza meg a nemet, például az XY kromoszómát hordozó egyedek (hímek) sterilek, az XX kromoszómát hordozó egyedek (nőstények) pedig termékenyek lesznek. Ez szorosan kapcsolódik a Haldane-szabályhoz.

Azt is kimutatták, hogy gerinctelen állatok mikrobiális fertőzései a gazdaszervezet utódai nemének és termékenységének megváltozását okozhatják. Például a fonálférgek vagy az ízeltlábúak, köztük a Drosophila, Wolbachia rickettsia baktérium fajainak fertőzése hímspecifikus sterilitást eredményezhet, amely a nőstényvonalon keresztül történő átvitel révén veleszületett.