Habsburgien sukuun kuulunut Ferdinand II oli Pyhän Rooman keisari, Böömin kuningas sekä Unkarin ja Kroatian kuningas. Hän oli Sisä-Itävallan arkkiherttua Kaarle II:n ja Baijerin Marian poika. Hänen vanhempansa olivat hartaita katolilaisia, ja vuonna 1590 he lähettivät hänet opiskelemaan jesuiittojen opistoon Ingolstadtiin, koska he halusivat eristää hänet luterilaisista aatelisista. Saman vuoden heinäkuussa, kun Ferdinand oli 12-vuotias, hänen isänsä kuoli, ja hän peri Sisä-Itävallan – Steiermarkin, Kärntenin, Karvian ja pienempiä maakuntia. Hänen serkkunsa, lapseton Rudolf II, Pyhän Rooman keisari, joka oli Habsburg-suvun päämies, nimitti regentit hallinnoimaan näitä maita.
Ferdinand asetettiin Sisä-Itävallan osavaltioiden varsinaiseksi hallitsijaksi vuosina 1596 ja 1597. Hänen serkkunsa Rudolf II antoi hänelle myös tehtäväksi johtaa Kroatian, Slaavonian ja Kaakkois-Unkarin puolustusta ottomaanien valtakuntaa vastaan. Ferdinand piti uskonnollisten kysymysten sääntelyä kuninkaallisena etuoikeutena ja otti käyttöön tiukkoja uskonpuhdistuksen vastaisia toimenpiteitä vuodesta 1598 alkaen. Ensin hän määräsi karkottamaan kaikki protestanttiset pastorit ja opettajat; seuraavaksi hän perusti erityisiä toimikuntia palauttamaan katoliset seurakunnat.