Avainsanat

COVID-19; Coronavirus; SARS-CoVs; MERS-CoV

Tietoa

COVID-19 on keuhkokuumeen kaltainen tauti. Sen aiheuttaa uusicoronavirus, nimeltään SARS-CoV-2; joka on samankaltainen kuin SevereAcute Respiratory Syndrome (SARS) -virus.

Maailman keskinäinen yhteenkytkeytyneisyys on ollut suotuisa SARS-CoV-2:lle. Ilman lentokoneita, junia ja autoja virus ei olisi päässyt niin kauas ja nopeasti. Päinvastoinyhteenkytkeytyneisyys voi olla myös sen tuho. Koska tiedemiehet eri puolilla maailmaa keskittyvät sen genomiin ja 27 proteiiniin, joita sen tiedetään tuottavan, syventävät vähitellen ymmärrystään ja löytävät keinoja sen pysäyttämiseksi.

COVID-19:n anatomia

Aluksi uutta virusta kutsuttiin nimellä 2019-nCoV. Myöhemmin kansainvälisen virustaksonomian komitean (ICTV) tutkijat nimesivät sitä SARS-CoV-2 -virukseksi, koska sen on todettu olevan samankaltainen kuin SARS-epidemian aiheuttanut virus(SARS-CoVs).

CoV-viruksista on tullut merkittäviä hengitystieinfektioita aiheuttavia mikro-organismeja. CoV:t ovat suuri perhe yksisäikeisiä RNA-viruksia (+ssRNA), joita voidaan eristää eri eläinlajeista. Ne voivat aiheuttaa ihmisissä sairauksia tavallisesta flunssasta vakavampiin tauteihin, kuten MERS- ja SARS-tautiin.SARS-virus on todennäköisesti saanut alkunsa lepakoista, minkä jälkeen se on siirtynyt muihin nisäkkäiden isäntäeläimiin, esimerkiksi SARS-CoV:n osalta Himalajan palmuviiriin ja MERS-CoV:n osalta dromedaarikameliin, ennen kuin se on siirtynyt ihmisiin.

Etiologia COVID-19

CoV:t ovat positiivisjuosteisia RNA-viruksia, joilla on elektronimikroskoopilla tarkasteltuna kruununomainen rakenne, koska kuoressa on piikkiglykoproteiineja. Koronaviruksia on 4pääryhmää: Alfakoronavirus (α-CoV), betakoronavirus (β-CoV), deltakoronavirus (-CoV) ja gammakoronavirus (ƴ-CoV). Ainoastaan α & β-koronavirukset pystyvät infektoimaan nisäkkäitä/ihmisiä, ja genomitutkimuksen perusteella kävi ilmi, että lepakot ja jyrsijät ovat α-CoV:ien ja β-CoV:ien geenilähteitä. Lintulajien havaittiin olevan δ-CoV:ien ja ƴ-CoV:ien geenilähteitä, ja niillä on taipumus tartuttaa lintuja.

7 ihmisen koronavirusta (HCoV) on tunnistettu tähän mennessä: HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-NL63, HCoV-HKU1, SARSCoV (aiheuttaa vakavan akuutin hengitystieoireyhtymän), MERS-CoV (Lähi-idän hengitystieoireyhtymä) ja nyt SARS-CoV-2.

SARS-CoV-2 kuuluu β-CoV-luokkaan. Se on yleensä muodoltaan pyöreä/elliptinen tai pleomorfinen ja halkaisijaltaan ≈ 60-140 nm. Se on myös herkkä UV-valolle ja lämmölle, kuten muutkin CoV:t. SARS-CoV-2:n inaktivoitumislämpötila on noin 27 °C. Päinvastoin, se voi kestää myös kylmää alle 0 °C:ssa. Lisäksi se voidaan inaktivoida lipidiliuottimilla, kuten eetterillä (75 %), etanolilla, klooria sisältävillä desinfiointiaineilla, peroksietikkahapolla ja kloroformilla, lukuun ottamatta klooriheksidiiniä.

Havaittiin, että SARS-CoV-2:n genomisekvenssi on 96,2-prosenttisesti identtinen lepakko-CoV:n RaTG13:n kanssa, kun taas se on79,5-prosenttisesti identtinen SARS-CoV:n kanssa. Tämän viruksen genomikvanseeraustulosten & evoluutioanalyysin perusteella lepakon epäillään olevan tämän viruksen alkuperän luonnollinen isäntä, ja SARS-CoV-2 on saattanut siirtyä lepakoista tuntemattomien väli-isäntien välityksellä tarttumaan ihmisiin.

Koronavirusten genetiikka

Koronavirukset, tämä nimi on keksitty, koska se näyttää elektronimikroskoopissa haloilta (tunnetaan nimellä koronat).Koronavirukset ovat suuri RNA-virusten perhe. Tyypillinenkoronavirusgenomi on yksi RNA-säie, joka on32 kilobaasia pitkä, ja sen tiedetään olevan suurin RNA-virusgenomi. Nämä virukset yhdistyvät useammin kuin mikään muu positiivinen säikeinen RNA-virus, ja ne yhdistävät eri lähteistä peräisin olevaa geneettistä tietoa, kun isäntä infektoituu useilla koronaviruksilla. Toisin sanoen koronavirukset mutatoituvat ja muuttuvat suurella nopeudella, mikä aiheuttaa vaikeuksia sekä diagnostisessa havaitsemisessa että hoidossa (ja rokotteissa).

Koronaviruksilla on hyvin epätavallinen replikaatioprosessi, johon kuuluu kaksivaiheinen replikaatiomekanismi. Muutamat RNA-virusgenomit sisältävät yhden avoimen lukukehyksen (ORF), joka on sitten käännetty yhdeksi polyproteiiniksi, tämä polyproteiini on katalyyttisesti pilkottu pienemmiksi toiminnallisiksi virusproteiineiksi. Koronavirukset sisältävät kuitenkin jopa 10 yksittäistä ORF:ää. Useimmatribosomit kääntävät suurimman näistä ORF:istä, jota kutsutaan replikaasiksi ja joka yksinään vastaa kaksinkertaista kokoa muihinRNA-virusgenomeihin verrattuna. Tämä replikaasigeeni koodaa useita entsyymejä, jotka käyttävät jäljelle jäävää genomia mallina tuottaakseen yhdistelmän pienempiä, päällekkäisiä sanansaattaja-RNA-molekyylejä, jotka käännetään edelleen rakenneproteiineiksi (uusien virushiukkasten rakennuspalikoiksi).