Kofeiinia sisältävien juomien kulutuksen on raportoitu olevan yhteydessä pienentyneeseen luumassaan ja suurentuneeseen luunmurtumariskiin joissakin, mutta ei useimmissa, havainnointitutkimuksissa. Ihmisillä tehdyt fysiologiset tutkimukset ja kontrolloidut tasapainotutkimukset osoittavat, että kofeiinilla itsellään on selvä mutta vain hyvin vähäinen lamaannuttava vaikutus kalsiumin imeytymiseen suolistosta, eikä sillä ole vaikutusta kalsiumin kokonaiserittymiseen virtsaan 24 tunnin aikana. Epidemiologiset tutkimukset, joissa on havaittu negatiivinen vaikutus, voivat osittain selittyä maidon ja kofeiinia sisältävien juomien kulutuksen käänteisellä suhteella. Vähäinen kalsiumin saanti on selvästi yhteydessä luuston haurauteen, ja on todennäköistä, että suuri kofeiinin saanti on usein merkki vähäisestä kalsiumin saannista. Kofeiinin negatiivinen vaikutus kalsiumin imeytymiseen on niin pieni, että jo 1-2 ruokalusikallisella maitoa voidaan korvata se kokonaan. Kaikki havainnot, joiden mukaan kofeiinipitoiset juomat ovat osteoporoosin riskitekijä, on tehty väestöissä, joiden kalsiumin saanti on huomattavasti alle optimaalisen. Ei ole näyttöä siitä, että kofeiinilla olisi haitallisia vaikutuksia luuston tilaan tai kalsiumtalouteen henkilöillä, jotka nauttivat nykyisin suositellun päivittäisen kalsiumannoksen.