Syntynyt 11. helmikuuta 1805 Mandanin linnakkeessa Jean Baptiste Charbonneau oli ranskankanadalaisen kanadalaistulkki Touissant Charbonneaun ja hänen shoshoonivaimonsa Sacagawean poika.
Lewis ja Clark saapuivat Hidatsa-Mandan alueelle lokakuussa 1804 ja palkkasivat vanhemman Charbonneaun ja Sacagawean tulkkiporukaksi. Kapteenit olivat saaneet tietää, että shoshoneilla oli suuri hevoslauma. He halusivat innokkaasti shoshoneja puhuvan Sacagawean mukaansa neuvottelemaan läntisten vuorten ylittämiseen tarvittavista hevosista huolimatta siitä, että Sacagawea oli tuolloin kuudennella kuulla raskaana.
Vaikka retkikunta talvehti Mandanin linnakkeessa, Lewis kirjasi 11. helmikuuta 1805 Jean Baptisten syntymän seuraavasti: Noin kello viiden aikaan tänä iltana eräs Charbonneaun vaimo synnytti hienon pojan. On syytä huomata, että tämä oli ensimmäinen lapsi, jonka tämä nainen oli synnyttänyt, ja kuten tällaisissa tapauksissa on tavallista, hänen synnytyksensä oli pitkällinen ja kivut rajuja. Koska Lewis luotti siihen, että nainen toimi shoshoonien tulkkina, hän oli huolissaan siitä, että synnytys sujuisi turvallisesti. Auttaakseen naista synnyttämään lapsen hän neuvoi muita ja antoi sitten pienen sekoituksen vettä ja kalkkarokäärmeen murskattuja renkaita synnytyksen käynnistämiseksi. Vaikka Lewis suhtautui epäilevästi tähän hoitoon, hänen päiväkirjansa mukaan nainen synnytti pian kalkkarokäärmeen juoman nauttimisen jälkeen:
33-jäsenisen retkikunnan uusin jäsen Jean Baptiste oli terve ja aktiivinen poika, joka oli Clarkin suuri suosikki, joka antoi hänelle lempinimen Pomp ja Pompy mahtipontisten tanssipoika-askartelujensa vuoksi. Huhtikuun 7. päivänä 1805 äitinsä kanssa piroguen (jokiveneen) kyydissä 55 päivän ikäinen Jean Baptiste liittyi retkikuntaan, kun joukot lähtivät Fort Mandanista jatkaakseen matkaansa kohti Kalliovuoristoa ja Sacagaweas-kansaa.
Baptiste oli altis lapsuuden sairauksille, ja hän sairastui vakavasti paluumatkalla keväällä 1806. Hänellä oli vaikea sairaus. Kun syvä lumi, joka peitti Bitterroot-vuoriston läpi kulkevan Lolo Trail -polun, viivästytti joukkueen matkaa, poika sairastui korkeaan kuumeeseen ja turvonneeseen kaulaan ja kurkkuun, jotka olivat merkkejä ehkä sikotaudista tai nielurisatulehduksesta (ja ehkä hammaslääkityksestä). Kapteenit levittivät hänen kaulaansa villistä sipulista tehtyjä kääreitä ja laastaria, joka oli tehty pitkänlehtisen männyn mädistä, beaswaxista ja karhuöljystä sekoitettuna, minkä tuloksena poika toipui kahdessa ja puolessa viikossa.
Clark johti pientä osastoa, johon kuului myös Charbonneaun perhe, ja tutki Yellowstone-jokea paluumatkan aikana. Heinäkuun 25. päivänä 1806 he törmäsivät joen etelärannalla epätavalliseen, vapaasti seisovaan hiekkakivimuodostumaan, jonka kapteeni Clark nimesi Pompys Toweriksi puolitoistavuotiaan Jean Baptisten mukaan. Nykyään Pompeys Pillar -nimellä tunnettuun paikkaan Clark kaiversi suojatun, luonnollisen ulokkeen alle oman nimensä ja heinäkuun 25. päivän, syntymäpäivänsä. Clarkin kaiverrusta, joka on nyt säilytetty särkymättömän lasisuojan alla, pidetään ainoana pysyvänä fyysisenä todisteena siitä, että merijalkaväki jätti maisemaan jälkensä matkan aikana. Pylvään lisäksi Clark nimesi läheisen puron Baptiests Creekiksi pojan kunniaksi.
Nuorukainen herätti pakottavaa ihastusta Clarkin sydämessä. Elokuun 17. päivänä, kun joukot saapuivat takaisin Hidatsa-Mandan-kyliin ja olivat hyvästelemässä Charbonneaun perhettä, Clark tarjoutui kasvattamaan lapsen omana poikanaan. Koska Jean Baptiste ei kuitenkaan ollut vielä vieroitettu, päätettiin, että pojan vanhemmat toisivat hänet Clarkille myöhemmin. Kirjeessä Touissant Charbonneaulle, joka oli tuolloin kotiutettu armeijasta, Clark kirjoitti:
Pienestä pojastanne (pojastani Pompista) tiedätte hyvin, että pidän hänestä kovasti ja että haluan ottaa ja kasvattaa hänet omana lapsenani. Kerron sinulle vielä kerran, että jos tuot poikasi Baptiestin luokseni, kasvatan hänet ja kohtelen häntä kuin omaa lastani – en unohda lupauksia, jotka annoin sinulle, ja toistan ne nyt, jotta voit olla varma – Charbono, jos haluat elää valkoisten kanssa ja tulet luokseni, annan sinulle palan maata ja varustan sinut hevosilla, lehmillä, & sioilla…Toivotan sinulle ja perheellesi paljon onnea & ja odotan innokkaasti, että näen pienen tanssijapoikani Baptiestin.”
Vuonna 1809 Touissant Charbonneau ja Sacagawea matkustivat Missouria pitkin St. Louisiin Jean Baptisten kanssa. Toussaint ja kaikki retkikunnan värvätyt miehet saivat kukin 320 eekkerin suuruiset maaoikeudet. Tämä sekä 533,33 dollarin suuruinen tosite, joka oli hänen palkkansa tulkkipalvelustaan (Sacagawea ei saanut mitään), oli todellakin omaisuus miehelle, jonka taloudelliset resurssit olivat niin rajalliset. Toussaint ei kuitenkaan ollut luonteeltaan sellainen, että hän olisi halunnut viljellä maata, ja 26. maaliskuuta 1811 hän siirsi maanomistuksensa Clarkille 100,00 dollarilla. Huhtikuussa hän ja Sacagawea nousivat Missouri Fur Companyn proomuun, joka oli matkalla Missourin yläosaan, ja jättivät Baptisten Clarkin huostaan, jotta poika voisi aloittaa koulunkäyntinsä.
Koulunkäyntinsä päätyttyä St. Louisissa Baptiste palasi rajaseudun elämään. Vuonna 1823, 18-vuotiaana, asuessaan kauppiaiden kylässä Kansas-joen suulla hän tapasi Saksan Wuertembergin prinssi Paul Wilhelmin, joka oli tieteellisellä matkalla Amerikassa. Baptistesin epätavallinen yhdistelmä rajaseututaitoja ja kulttuurisia saavutuksia kiehtoi ruhtinasta, joka otti hänet suojelukseensa. Nuori mies seurasi Paavalin mukana Eurooppaan, jossa hän tutustui saksalaisen hovin hienostuneeseen, aristokraattiseen ympäristöön. Baptiste nautti kuninkaallisesta elämäntyylistä kuuden vuoden ajan, puhui sujuvasti neljää kieltä ja sai taustan, joka myöhemmin leimasi hänet läntisen rajan kulttuurilliseksi poikkeavuudeksi.
Palattuaan Amerikkaan vuonna 1829 hän jätti sivuun sivistyneet tapansa ja ajautui vuoristomiehen karkeaan ja rähjäiseen elämään. Hän kiersi pitkin ja poikin Amerikan länttä metsästäen, pyydystäen, opastaen ja tutkien. Vuosina 1846-1847 hän tiedusteli Mormonipataljoonalle tietä länteen Uudesta Meksikosta Kaliforniaan. Vuonna 1847 hänet vapautettiin palveluksesta, ja hänet nimitettiin San Luis Reyn lähetyssaarnaajan (Alcalde) virkaan, joka oli verrattavissa maistraatin virkaan.
Järkyttyneenä maanomistajien väärinkäytöksistä tiettyjä intiaaneja kohtaan (joita kohdeltiin käytännössä orjina), hän luopui virkatehtävistään ja lähti mukaan Kalifornian kullankaivun kiihkeään ryntäykseen. Hän ei ilmeisesti rikastunut, sillä hänet kirjattiin hotellin virkailijaksi Auburniin, Kaliforniaan, vuonna 1861. Vuonna 1866 hän lähti Auburnista kahden kumppaninsa kanssa kohti uusia kultalöytöjä Montanassa. Matkalla Jean Baptiste kuoli 61-vuotiaana keuhkokuumeeseen, ja hänet haudattiin syrjäiselle, alkeelliselle hautausmaalle Jordan Valleyn pikkuruiseen Dannerin kylään Oregonissa. Maaliskuun 14. päivänä 1973 hänen hautapaikkansa merkittiin National Register of Historic Places -rekisteriin.